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小編給大家分享一下轉(zhuǎn)錄因子的靶基因數(shù)據(jù)庫是什么，希望大家閱讀完這篇文章之后都有所收獲，下面讓我們一起去探討吧！

在石龍等地區(qū)，都構(gòu)建了全面的區(qū)域性戰(zhàn)略布局，加強(qiáng)發(fā)展的系統(tǒng)性、市場前瞻性、產(chǎn)品創(chuàng)新能力，以專注、極致的服務(wù)理念，為客戶提供網(wǎng)站建設(shè)、網(wǎng)站設(shè)計(jì) 網(wǎng)站設(shè)計(jì)制作按需設(shè)計(jì)網(wǎng)站,公司網(wǎng)站建設(shè),企業(yè)網(wǎng)站建設(shè),成都品牌網(wǎng)站建設(shè),成都營銷網(wǎng)站建設(shè),外貿(mào)網(wǎng)站建設(shè),石龍網(wǎng)站建設(shè)費(fèi)用合理。

對于轉(zhuǎn)錄因子而言，我們最想知道的信息就是其對應(yīng)的靶基因。轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)數(shù)據(jù)庫非常的多，有些數(shù)據(jù)庫直接提供了靶基因的信息，比如TRANSFAC, 有些數(shù)據(jù)庫只提供了motif的信息，比如JASPAR, 我們只能通過軟件預(yù)測在基因的啟動子序列上是否有對應(yīng)的motif, 從而識別轉(zhuǎn)錄因子的靶基因。

TRANSFAC收費(fèi)，而JASPAR的靶基因預(yù)測又需要一定的生信技能，有沒有哪個數(shù)據(jù)庫既免費(fèi)，又直接提供了靶基因數(shù)據(jù)呢？

這種數(shù)據(jù)庫肯定是存在的，比如之前介紹過的TRRUST等數(shù)據(jù)庫，但是本文的主角是另外一個數(shù)據(jù)庫，Harmonizonme。

將各個Resource來源數(shù)據(jù)庫中的原始信息加以整理，得到更加直觀，方便使用的數(shù)據(jù)集Datasets，然后將所有的整理好的信息存儲在同一個數(shù)據(jù)庫中，就得到了Harmonizonme數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址如下

http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/

目前該數(shù)據(jù)庫包含來自66個Resources數(shù)據(jù)庫，114個數(shù)據(jù)集datasets, 共有57620個基因，295496個屬性，71927784個相互作用關(guān)系。分類情況如下

可以看到有非常多種類型的信息，本文只介紹轉(zhuǎn)錄因子的靶基因數(shù)據(jù)集，在官網(wǎng)首頁，根據(jù)關(guān)鍵詞檢索相關(guān)的數(shù)據(jù)集，示意如下

最終可以檢索到以下6個轉(zhuǎn)錄因子靶基因數(shù)據(jù)集

以TRANSFAC Curated Transcription Factor Targets數(shù)據(jù)集為例，鏈接如下

http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/dataset/TRANSFAC+Curated+Transcription+Factor+Targets

該數(shù)據(jù)集是手工收集整理的轉(zhuǎn)錄因子靶基因數(shù)據(jù)集，示意如下

共包括201個轉(zhuǎn)錄因子的靶基因信息，點(diǎn)擊每個轉(zhuǎn)錄因子，可以看到相關(guān)的靶基因，示意如下

除了在線瀏覽特定轉(zhuǎn)錄因子的靶基因外，還可以方便的下載該數(shù)據(jù)集，點(diǎn)擊下圖中紅色方框標(biāo)識的文件進(jìn)行下載即可

該文件列數(shù)很多，前幾列示意如下

source	source_desc	source_id	target	target_desc	target_id
SLC16A9	na	220963	ALX1	na	8092
SLC26A3	na	1811	ALX1	na	8092
ABHD17B	na	51104	ALX1	na	8092

這里的id指的是基因?qū)?yīng)的Entrez Id, source值的是靶基因，`target值的是轉(zhuǎn)錄因子，通過該數(shù)據(jù)庫可以方便的得到轉(zhuǎn)錄因子和靶基因之間的調(diào)控關(guān)系。

看完了這篇文章，相信你對“轉(zhuǎn)錄因子的靶基因數(shù)據(jù)庫是什么”有了一定的了解，如果想了解更多相關(guān)知識，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！

網(wǎng)頁標(biāo)題：轉(zhuǎn)錄因子的靶基因數(shù)據(jù)庫是什么
當(dāng)前網(wǎng)址：http://www.dlmjj.cn/article/pjohci.html