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怎么用GDC下載TCGA腫瘤患者的臨床信息，相信很多沒有經(jīng)驗(yàn)的人對(duì)此束手無策，為此本文總結(jié)了問題出現(xiàn)的原因和解決方法，通過這篇文章希望你能解決這個(gè)問題。

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在GDC中，對(duì)腫瘤患者的臨床信息進(jìn)行了標(biāo)準(zhǔn)化，分成了以下7個(gè)類別

1. Demographic

2. Diagnosis

3. Exposure

4. Family History

5. Follow Up

6. Molecular Test

7. Treatment

其中有20項(xiàng)臨床信息是必須的，展示如下

在GDC中，臨床信息的下載和普通文件是類似的，在Repository中，數(shù)據(jù)類型選擇Clinical, 示意如下

當(dāng)然可以根據(jù)Cases的屬性在進(jìn)行過濾，過濾之后，在右側(cè)可以看到文件的列表，示意如下

可以看到，原始的臨床信息采用了XML格式來存儲(chǔ)，在改文件中保存的信息更加全面。將對(duì)應(yīng)的文件添加到Cart中，可以進(jìn)行下載，示意如下

如果需要下載原始的文件，可以通過點(diǎn)擊Download, 下載manifest文件，通過gdc-client來下載，這樣做需要后期自己讀取XML文件中的信息，在進(jìn)行整理。

對(duì)于臨床信息，同時(shí)還提供了TSV和JSON的下載格式，其中TSV格式特別的友好，用Excel打開即可查看，示意如下

列數(shù)較多，這里只截取了部分。需要注意，這種方式得到的臨床信息相比XML文件會(huì)少一點(diǎn)，但是對(duì)于生存分析等常用場(chǎng)景來說，也足夠了。

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