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怎樣使用Loupe Cell Browser查看10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果，相信很多沒有經(jīng)驗的人對此束手無策，為此本文總結(jié)了問題出現(xiàn)的原因和解決方法，通過這篇文章希望你能解決這個問題。
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Loupe Cell Browser，該軟件是一個圖形界面的軟件，操作非常的方便，支持windows和mac兩種操作系統(tǒng)。
安裝好之后，雙擊啟動，界面如下
在cell ranger軟件的輸出結(jié)果中，有一個名為cloupe.cloupe的文件，該文件就是用于輸入到Loupe Cell Browser軟件中的。
通過左上角的File->Open File， 或者Browser for a Loupe Cell Browser File菜單，導(dǎo)入對應(yīng)的后綴cloupe的文件，導(dǎo)入成功后的頁面如下
默認(rèn)展示的是t-SNE降維后的2D-plot, 細(xì)胞的顏色根據(jù)Graph-Based聚類結(jié)果進(jìn)行填充，對于聚類得到的cluster, 可以通過對應(yīng)的單選框，來調(diào)節(jié)是否在圖中顯示該cluster對應(yīng)的細(xì)胞，顏色也可以編輯，更換不同的顏色，通過三角形的下拉按鈕，可以查看其它聚類的結(jié)果，比如K-means聚類的結(jié)果。
聚類的詳細(xì)結(jié)果，即每個細(xì)胞對應(yīng)的cluster編號，可以通過最右側(cè)的按鈕導(dǎo)出到文件中，結(jié)果為CSV格式，內(nèi)容示意如下
中間的表格顯示的是feature table, 即每個cluster下顯著差異的基因列表，示意如下
默認(rèn)顯示下調(diào)的基因列表，可以通過選項進(jìn)行設(shè)置，示意如下
同時還提供了hetamap的顯示結(jié)果，示意如下
以上這些就是該軟件的基本功能，相比網(wǎng)頁的顯示結(jié)果，該軟件交互式更強(qiáng)，可以更加方便的探究數(shù)據(jù)。
看完上述內(nèi)容，你們掌握怎樣使用Loupe Cell Browser查看10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果的方法了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或想了解更多相關(guān)內(nèi)容，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！
分享名稱：怎樣使用LoupeCellBrowser查看10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果
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