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linux 操作系統(tǒng)下，sambamba 是一款靈活快速，高效且易用的 SAM/BAM 文件過(guò)濾以及排序軟件工具，它利用專業(yè)級(jí)的內(nèi)存管理和可高度自定義的算法來(lái)在較短時(shí)間內(nèi)處理較大型數(shù)據(jù)集。本文將介紹在Ubuntu Linux 下Samabamba 的安裝以及使用。
### 一、安裝 Sambamba
##### 1.1 安裝依賴包
在Ubuntu來(lái)安裝sambamba前，首先需要安裝一些必要的依賴包，可以在終端（Terminal）中輸入以下Linux 命令：
“`bash
$ sudo apt-get install build-essential zlib1g zlib1g-dev libncurses5-dev liblzma-dev libboost-all-dev cmake
##### 1.2 下載、編譯和安裝 Sambamba
接著我將從官網(wǎng)下載安裝包，以 0.7.0 版本的 Sambamba 為例：
```bash
$ wget https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v0.7.0/sambamba_v0.7.0_linux.tar.bz2
下載完解壓包以后，可以使用 `cmake` 來(lái)進(jìn)行編譯：
“`bash
$ cmake .
$ make
$ make install
接著就說(shuō)明 Sambamba 安裝完畢。
### 二、使用 Sambamba
##### 2.1 文件過(guò)濾
安裝完畢后，便可以使用sambamba 來(lái)完成 SAM/BAM 文件過(guò)濾了，只需要輸入以下 Linux 命令：
```bash
$ sambamba view -h
示例用法：
“`bash
$ sambamba view -F ‘tlen > 20 & tlen filtered.bam
這里我們可以指定各種過(guò)濾的條件，比如含有特定的序列或者按照讀長(zhǎng)進(jìn)行篩選等等，更多的選項(xiàng)可以在用例示例中查看。
##### 2.2 文件排序
Sambamba 還可以用來(lái)完成 SAM/BAM 文件排序，使用Linux 命令：
```bash
$ sambamba sort
例如：
“`bash
$ sambamba sort -m 8G sample.bam -o sample_sort.bam
可以用指定的內(nèi)存進(jìn)行排序，更多的操作可以參照文檔中的用例查看。
### 結(jié)語(yǔ)
總之，Sambamba 是一款功能強(qiáng)大的 SAM/BAM 文件過(guò)濾以及排序軟件工具，擁有快速，高效且易用的特性，能夠有效的處理包括大型數(shù)據(jù)集在內(nèi)的樣本文件，在Annaband里面的應(yīng)用也非常廣泛，值得使用。
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網(wǎng)站題目：ambaLinux下Sambamba的安裝與使用（linuxsamb）
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