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PDB數(shù)據(jù)庫簡介及下載數(shù)據(jù)方法解析(pdb數(shù)據(jù)庫中下載數(shù)據(jù))

在生物科學(xué)領(lǐng)域中,蛋白質(zhì)是極其重要的一類分子,它們負(fù)責(zé)維持細(xì)胞的正常功能,參與到細(xì)胞的各種代謝過程中。其中,對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的研究是了解蛋白質(zhì)在生物學(xué)中作用的關(guān)鍵。蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)銀行(Protein Data Bank,簡稱PDB)是全球共同建立和維護(hù)的一個(gè)重要蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫,旨在推進(jìn)生命科學(xué)的發(fā)展,提高生命科學(xué)研究質(zhì)量,為科學(xué)與工業(yè)界的成就提供服務(wù)。本文將介紹PDB數(shù)據(jù)庫的基本情況以及如何下載PDB數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)。

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一、PDB數(shù)據(jù)庫簡介

1.1 PDB數(shù)據(jù)庫背景

PDB數(shù)據(jù)庫是一個(gè)協(xié)作的國際數(shù)據(jù)存儲中心,由許多國際機(jī)構(gòu)共同維護(hù)。PDB數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)內(nèi)容是X射線衍射結(jié)構(gòu)、核磁共振(NMR)譜、電子顯微鏡(EM)成像和一些特殊結(jié)構(gòu)(如DNA、RNA結(jié)構(gòu)庫)等內(nèi)容。該數(shù)據(jù)庫的要求是其所收錄的所有結(jié)晶蛋白質(zhì)物的原子級結(jié)構(gòu)必須完全確定,同時(shí)還需要有相關(guān)文獻(xiàn)證明。這些文獻(xiàn)需要指出實(shí)驗(yàn)結(jié)果,并詳情說明數(shù)據(jù)的得到和處理過程。

1.2 PDB數(shù)據(jù)庫的使用

科學(xué)家們可以通過搜索引擎或者單獨(dú)訪問PDB數(shù)據(jù)庫的官方網(wǎng)站(https://www.rc.org/)來瀏覽并查詢數(shù)據(jù)庫中所存儲的結(jié)構(gòu)信息。PDB數(shù)據(jù)庫是一個(gè)公共數(shù)據(jù)庫,任何人都可以在上面免費(fèi)查看和下載任何結(jié)晶蛋白質(zhì)物的結(jié)構(gòu)文件。PDB數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)可用于科研及學(xué)術(shù)交流用途,也可用于大型生物制藥企業(yè)的代謝工程。

1.3 PDB數(shù)據(jù)庫的發(fā)展歷程

PDB數(shù)據(jù)庫最初的版本在1971年由G.R. Hendrickson及其他的科學(xué)家建立,其目的是存儲結(jié)晶蛋白質(zhì)物的結(jié)構(gòu)信息。到了1990年代,PDB數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)量急劇增長,基礎(chǔ)設(shè)施的建設(shè)則滯緩不前,這導(dǎo)致了數(shù)據(jù)查詢和下載的困難。1998年,由當(dāng)時(shí)的三個(gè)主要貢獻(xiàn)者 RCSB、PDBE和PDBj共同建立了PDB統(tǒng)一入口,并聘請專業(yè)人員負(fù)責(zé)數(shù)據(jù)存儲和管理,科學(xué)家可以在任何一個(gè)合作方的網(wǎng)站問數(shù)據(jù)庫。透過透明的合作機(jī)制,PDB建立了一個(gè)500多個(gè)員工跨越72個(gè)國家的明確的國家差異聯(lián)盟。目前,PDB數(shù)據(jù)庫的版本號已經(jīng)到了2023年10月27日的v.3.48.0。

二、PDB數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)類型

PDB數(shù)據(jù)庫中包含了不同類型的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息,每一種數(shù)據(jù)類型都有其特定的樣本結(jié)構(gòu)描述方式。

2.1 晶體學(xué)數(shù)據(jù)

晶體學(xué)數(shù)據(jù)最為常見,其中包括很多精細(xì)的描述信息和三維坐標(biāo)的點(diǎn)陣數(shù)據(jù)和位于凝聚態(tài)的原子級。

2.2 核磁數(shù)據(jù)

核磁信號被用來解決固定條件下,高分子大分子結(jié)構(gòu)的問題。該數(shù)據(jù)也可以采用PDBx/mmCIF格式。

2.3 基因數(shù)據(jù)

針對大規(guī)模數(shù)據(jù)的重要來源,基因數(shù)據(jù)包含了構(gòu)建結(jié)晶蛋白質(zhì)物的DNA和RNA信息,這些數(shù)據(jù)是由生物學(xué)家來描述的

2.4 電子顯微鏡數(shù)據(jù)(EM)

電子顯微鏡數(shù)據(jù)(EM)方法,攝取三維分辨率的大分子影像。傳統(tǒng)的光學(xué)顯微鏡方法在分辨率上受到臨界孔徑線寬的限制,因而無法用于觀察高分子大分子結(jié)構(gòu)。而電子顯微鏡利用電子束代替可見光,從而擺脫了上述限制,可以對高分子大分子的結(jié)構(gòu)進(jìn)行觀察和分析。

2.5 表示簡單序列的數(shù)據(jù)

PDB數(shù)據(jù)庫還可用于含有未簡化氨基酸序列,所以也有過表現(xiàn)文章的數(shù)據(jù)。

三、如何下載PDB數(shù)據(jù)

3.1 登錄PDB數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站

打開PDB數(shù)據(jù)庫的官方網(wǎng)站:https://www.rc.org/

3.2 搜索并下載PDB數(shù)據(jù)

在網(wǎng)站首頁中,選擇搜索框,輸入你要查詢的蛋白質(zhì)名稱或PDB編號,單擊“Search”。用戶將獲得的結(jié)果展示在自己的屏幕上。接下來,可以直接點(diǎn)擊每個(gè)蛋白質(zhì)或者結(jié)構(gòu)名稱,并在其詳細(xì)頁面中查看所有描述信息。在頁面底部板塊上,會看到“Download files”(下載文件)按鈕,請點(diǎn)擊此按鈕。接著,選擇您要下載的格式(PDB或PDBx/mmCIF等)并單擊“Download”. PDB文件可以用于衍射結(jié)構(gòu),而PDBx/mmCIF結(jié)構(gòu)可以用于配合星 etc. 的結(jié)構(gòu)研究。

四、PDB數(shù)據(jù)庫各功能介紹

4.1 3D molecular view

3D molecular view功能展示了蛋白質(zhì)的構(gòu)象及其手性,提供了快速下載原始結(jié)構(gòu)文件的互動(dòng)工具,可幫助用戶進(jìn)一步對PDB數(shù)據(jù)的理解,便于更深入的研究。

4.2 Sequence data and homology modeling

該服務(wù)從PDB數(shù)據(jù)中提取出蛋白質(zhì)序列以及啟示式,可以配給、比較、歸類、構(gòu)建模型等基礎(chǔ)功能。

4.3 Ligand Explorer

該服務(wù)涵蓋了當(dāng)前PDB數(shù)據(jù)庫中所有的小分子數(shù)據(jù)及與之相關(guān)的所有信息。此外還提供了相應(yīng)藥物的詳細(xì)屬性信息。

4.4 ChemCompSearch

ChemCompSearch支持在PDB數(shù)據(jù)庫中搜索和選擇特定化合物,以便了解其空間構(gòu)象和影響。

綜上所述,PDB數(shù)據(jù)庫是一個(gè)重要的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫,許多科學(xué)家都會在科研及學(xué)術(shù)交流中應(yīng)用PDB數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)。對于科研工作者來說,在尋找特定蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息時(shí),首先要清楚了解PDB數(shù)據(jù)庫,并熟悉如何下載其中的數(shù)據(jù)。在后續(xù)的科研工作中,PDB數(shù)據(jù)庫的各項(xiàng)功能還可以用來輔助完成更加深入有益的研究工作。

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PHP如何在數(shù)據(jù)庫中下載文件

數(shù)據(jù)庫可以存字節(jié)數(shù)據(jù)的啊,自己寫到數(shù)據(jù)庫即可,讀出來后再形成文件即可

$id = $_REQUEST ;

if (! isset ( $id ) or $id == “”)

die ( “error:id none” );

//定位記錄,讀出

$conn = mysql_connect ( “l(fā)ocalhost”, “root”, “root” );

if (! $conn)

die ( “error:mysql connect failed” );

mysql_select_db ( “戚哪迅test”, $conn );

$sql = “select * from receive where id=$id”;

$result = mysql_query ( $sql );

if (! $result)

die ( “error:mysql query” );

$num = mysql_num_rows ( $result );

if ($num

die ( “error:no this recorder” );

$data = mysql_result ( $result, 0, “file_data”緩鍵 );

$type = mysql_result ( $result, 0, “file_type” );

$fileName = mysql_result ( $result, 0, “file_name” );

mysql_close ( $conn );

$filePath = ‘download/’ . $userid . “/” . $fileName;

$file = fopen ( RelativePath . $filePath, “wb” );

if (fwrite ( $file, $data ) === FALSE) {

echo “can not write in ” . $file;

exit ();

}

fclose ( $file );

請問PDB數(shù)據(jù)庫文件如何打開?

1、打開vs2023,在菜單欄上找到“工具”—》“選項(xiàng)睜伏耐”。

2、打開選項(xiàng)設(shè)置界面,如下圖所示。

3、在左邊的列表框里找到調(diào)試的功能選項(xiàng)。

4、在調(diào)試的選項(xiàng)里,展開后,可以看到調(diào)試符號的子選項(xiàng)。

5、在右邊可以看悉春到“符號文件(.pdb)的位置”的字樣,給“MicroSoft符號服務(wù)廳陵器”打勾,如下圖所示,點(diǎn)擊確定保存退出。

6、在主界面可以看到正在從microsoft服務(wù)器下載.pdb符號文件,vs也正在加載這些符號文件。

  PDB是Palm DataBase的縮寫,Palm OS所用文件的擴(kuò)展名為.pdb??梢允褂肞almReader打開。 如果想把PDB文件轉(zhuǎn)換成TXT文件搏棗芹查看,可以使用WavePDB轉(zhuǎn)。

  程序數(shù)據(jù)庫 (PDB) 文件保存著調(diào)試和項(xiàng)目狀態(tài)信息,使用這些信息可以對程序的調(diào)試基畢配置進(jìn)行增量鏈接。常見的VC80.PDB(更籠統(tǒng)地說就是 VCx0.PDB,其中 x 表示 Visual C++ 的版巖含本。) 該文件存儲各個(gè) OBJ 文件的所有調(diào)試信息并與項(xiàng)目生成文件駐留在同一個(gè)目錄中。

不是數(shù)據(jù)庫文件吧,用PalmReader打開

試試office的powerpoint,記不清了。

關(guān)于pdb數(shù)據(jù)庫中下載數(shù)據(jù)的介紹到此就結(jié)束了,不知道你從中找到你需要的信息了嗎 ?如果你還想了解更多這方面的信息,記得收藏關(guān)注本站。

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