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在當(dāng)前的計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)環(huán)境下，網(wǎng)絡(luò)安全已經(jīng)成為一個(gè)必須要關(guān)注的問(wèn)題。攻擊者可以通過(guò)多種方法入侵我們的系統(tǒng)，盜取個(gè)人信息，破壞我們的網(wǎng)絡(luò)設(shè)備，甚至是加入到一個(gè)惡意網(wǎng)絡(luò)中成為攻擊者的一分子。因此，網(wǎng)絡(luò)身份驗(yàn)證成為了最為基本的保障措施之一。在商業(yè)和機(jī)構(gòu)中，構(gòu)建高魯棒性的身份認(rèn)證系統(tǒng)更是至關(guān)重要。而linux nast正是一款完全開源、自由及可控的網(wǎng)絡(luò)身份驗(yàn)證解決方案。在本篇文章中，我們將會(huì)探究Linux NAST的基礎(chǔ)及特性。
目前創(chuàng)新互聯(lián)已為上千余家的企業(yè)提供了網(wǎng)站建設(shè)、域名、網(wǎng)頁(yè)空間、網(wǎng)站托管運(yùn)營(yíng)、企業(yè)網(wǎng)站設(shè)計(jì)、普寧網(wǎng)站維護(hù)等服務(wù)，公司將堅(jiān)持客戶導(dǎo)向、應(yīng)用為本的策略，正道將秉承"和諧、參與、激情"的文化，與客戶和合作伙伴齊心協(xié)力一起成長(zhǎng)，共同發(fā)展。
基礎(chǔ)概念
NAST全稱Network Authentication, Sensing and Trust，即“網(wǎng)絡(luò)身份認(rèn)證、感知和信任”. 它是一組網(wǎng)絡(luò)身份驗(yàn)證和訪問(wèn)控制解決方案. 它允許系統(tǒng)管理員在無(wú)線和有線網(wǎng)絡(luò)環(huán)境中輕松地控制端對(duì)端對(duì)等通信. 特別是對(duì)工業(yè)控制環(huán)境、企業(yè)聯(lián)網(wǎng)、智能家居等領(lǐng)域下的物聯(lián)網(wǎng)設(shè)備，NAST作為一個(gè)重要的組成部分在網(wǎng)絡(luò)安全的發(fā)展中扮演了不可替代的角色。
NAST工作機(jī)制
在網(wǎng)絡(luò)中，我們使用NAST來(lái)控制無(wú)線局域網(wǎng)或者有線局域網(wǎng)的安全進(jìn)行訪問(wèn)控制，而這個(gè)訪問(wèn)控制則是基于NAST物理層地址（MAC地址）的。
在NAST中，我們使用了兩個(gè)元素來(lái)控制訪問(wèn)權(quán)限。之一個(gè)元素是MAC地址，通常用作靜態(tài)分配，而第二個(gè)元素是SSL/TLS證書，用于動(dòng)態(tài)分配。此外，還可以在MAC地址和SSL/TLS證書之間切換以實(shí)現(xiàn)不同的身份驗(yàn)證方式。從而在網(wǎng)絡(luò)環(huán)境中實(shí)現(xiàn)高效的訪問(wèn)控制。
NAST解決方案特性
快速而高效的認(rèn)證
在NAST解決方案中，管理員可以通過(guò)批量處理將SSL/TLS證書導(dǎo)入到系統(tǒng)中。這種方式可以大幅提升身份驗(yàn)證的效率，同時(shí)減少無(wú)效的身份驗(yàn)證請(qǐng)求，從而大幅提升整個(gè)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)的性能。
多種身份驗(yàn)證方式
作為一種靈活可配置的網(wǎng)絡(luò)身份驗(yàn)證方案，NAST可以通過(guò)采用多種身份驗(yàn)證方式來(lái)優(yōu)化身份驗(yàn)證的效果。管理員可以選擇MAC地址驗(yàn)證、證書驗(yàn)證、用戶名和密碼驗(yàn)證等方式。這些方案可以靈活適應(yīng)不同網(wǎng)絡(luò)場(chǎng)景，從而提升網(wǎng)絡(luò)安全性和易用性。
強(qiáng)大的訪問(wèn)控制
NAST的訪問(wèn)控制針對(duì)物理和邏輯層，可以在各個(gè)層面上丈量規(guī)定請(qǐng)求者的訪問(wèn)權(quán)限。同時(shí)，NAST還提供細(xì)粒度的訪問(wèn)控制規(guī)則，使得管理員可以對(duì)不同用戶或設(shè)備應(yīng)用不同的訪問(wèn)規(guī)則，從而滿足特定的網(wǎng)絡(luò)安全需求。
可擴(kuò)展性
在網(wǎng)絡(luò)中，NAST的作用不僅僅在于認(rèn)證與訪問(wèn)控制，同時(shí)還可以提供網(wǎng)絡(luò)管理、防火墻保護(hù)等方面的支持。管理員可以通過(guò)定制化的方式擴(kuò)展NAST的功能，實(shí)現(xiàn)更多的安全級(jí)別保護(hù)和網(wǎng)絡(luò)管理。
結(jié)論
Linux NAST作為一個(gè)完全開源、自由及可控的網(wǎng)絡(luò)身份驗(yàn)證解決方案，為企業(yè)和機(jī)構(gòu)等重要領(lǐng)域下的網(wǎng)絡(luò)設(shè)備和終端用戶提供了高魯棒性的身份認(rèn)證和訪問(wèn)控制。通過(guò)使用NAST，管理員可以在保證網(wǎng)絡(luò)安全的前提下提升用戶體驗(yàn)和網(wǎng)絡(luò)性能。作為一種靈活可擴(kuò)展的解決方案，NAST也為企業(yè)和機(jī)構(gòu)提供了更高效的網(wǎng)絡(luò)管理和安全防護(hù)。在未來(lái)的網(wǎng)絡(luò)安全發(fā)展中，NAST將繼續(xù)發(fā)揮重要而不可替代的作用。
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Mothur命令教程
從這個(gè)頁(yè)面
上查閱的所有命令，根據(jù)個(gè)人理解翻譯了一下。個(gè)人能力有限，會(huì)有不當(dāng)之處。
A-G (查看時(shí)請(qǐng)用Ctrl+F快捷鍵)
Align.check
這個(gè)命令使你計(jì)算16S rRNA基因序列中潛在的錯(cuò)配堿基對(duì)數(shù)目。如果你對(duì)ARB(
)的編輯窗口熟悉的話，這與計(jì)算~，#，-和=這些符號(hào)的數(shù)目相同。用greengenes的二級(jí)結(jié)構(gòu)圖譜和esophagus dataset運(yùn)行這個(gè)命令。要運(yùn)行這個(gè)命令，你必須提供FASTA格式的序列文件。
Align.seqs
這個(gè)命令把用戶提供的FASTA格式的候選序列文件對(duì)齊到用戶提供的同樣格式的模板序列。通用的方法是：
1.采用kmer searching（
），blastn或suffix tree searching找到每個(gè)候選序列的最接近模板
2.在候選序列文件和空位模板序列之間進(jìn)行堿基配對(duì)，采用Needleman-Wunsch，Gotoh，或者blastn算法規(guī)則。
3.重新在候選和模板序列對(duì)之間插入間隔（空位），采用NAST算法，這樣候選序列就能與原始模板序列兼容。
我們提供了一些16S和18S基因序列的數(shù)據(jù)庫(kù)，這些是與greengenes和SILVA隊(duì)列兼容的。然而，自定義的任何DNA序列的排列都可以用作模板，所以鼓勵(lì)用戶分享他們的排列供其他人使用。普遍來(lái)說(shuō)，進(jìn)行排列是很快的-我們能在3小時(shí)內(nèi)將超過(guò)186000個(gè)的全長(zhǎng)序列排序到SILVA排列中，而且質(zhì)量像SINA aligner做的一樣好。另外，這個(gè)速率可以由多個(gè)處理器加倍。
Amova
分子方差分析（Analysis of molecular variance）是一種傳統(tǒng)方差分析的非參數(shù)模擬。這孝橘種方法被廣泛應(yīng)用在種群遺傳學(xué)以檢測(cè)關(guān)于兩個(gè)種群的遺傳多樣性不是顯著不同于由這兩個(gè)種群的共同聯(lián)合導(dǎo)致的多樣性這樣一個(gè)假設(shè)。
Anosim
參考文獻(xiàn)：Clarke, K. R. (1993). Non-parametric multivariate ysis of changes in community structure. _Australian Journal of Ecology_ 18,. 群落結(jié)構(gòu)變化的非參數(shù)多元分析《澳大利亞生態(tài)學(xué)報(bào)》
Bin.seqs
這個(gè)命令輸出一個(gè)fasta格式的文件，其中序列根據(jù)它們所屬的OTU進(jìn)行排序。這樣的輸出也許對(duì)一個(gè)OTU生成特異性引物有幫助，用來(lái)對(duì)序列進(jìn)行分類。
Catchall
這漏睜個(gè)命令使mothur與Linda Woodard，Sean Connolly和John Bunge開發(fā)的catchall程序連接。獲取更多信息，請(qǐng)參看
。catchall的可執(zhí)行程序必須與你的mothur在同一個(gè)文件夾里。如果你是一個(gè)Mac或Linux用戶，你必須也安裝了mono，在catchall的網(wǎng)頁(yè)中有一個(gè)關(guān)于mono的鏈接。
Chimera.bellerophon
采用Bellerophon方法生成一個(gè)挑選的優(yōu)先嵌合序列的得分列表。
Chimera.ccode
采用Ccode方法。對(duì)每個(gè)詞語(yǔ)，在查詢序列和參考序列之間對(duì)比距離的差異，以及參考序列與它們自己。
Chimera.check
采用chimeraCheck方法…注意：從RDP模型中，這個(gè)方法不能決定一個(gè)序列是否是嵌合的，但是讓你決定那些基于產(chǎn)生的IS值的序列。
查看“查詢的序列的左邊到它的最近的匹配的距離+查詢的右邊到它最近的匹配的距離-整個(gè)查詢序列到它最近的匹配的距離”，通過(guò)多個(gè)窗口
Chimera.perseus
這個(gè)命令讀取并命名一個(gè)fasta文件，輸出潛在的嵌合序列。
Chimera.pintail
采用Pintall 方法。在不同的窗口中查詢一個(gè)序列，查看期望的差異與觀察到的差異之間的不同
Chimera.seqs
這個(gè)命令已經(jīng)被拆分為6個(gè)分離的命令。
目前，mothur執(zhí)行六種方法以確定一個(gè)序列是不返慎歲是嵌合的。如果有一個(gè)你喜歡看到的算法可以實(shí)施，請(qǐng)考慮一下或者貢獻(xiàn)給mothur項(xiàng)目，或者聯(lián)系開發(fā)者，我們將會(huì)考慮我們能做什么。
chimera.bellerophon
chimera.pintail
chimera.check
chimera.ccode
chimera.slayer
chimera.uchime
Chimera.slayer
這個(gè)命令讀取一個(gè)fasta文件和參照文件，并輸出潛在的嵌合序列。原始算法的開發(fā)者建議采用一個(gè)特殊的模版參照（例如，gold）。我們用silva參照文件提供silva-based 排列的數(shù)據(jù)庫(kù)。你將需要在blast/bin文件夾中有megablast和formatdb可執(zhí)行文件的拷貝，這里blast文件夾與mothur可執(zhí)行程序相鄰。megablast/formatdb的版本可以在這里
Chimera.uchime
這個(gè)命令讀取一個(gè)fasta文件和參考文件，并輸出潛在的嵌合序列。原始的uchime程序是由Robert C. Edgar編寫的，并且貢獻(xiàn)為公共所有。
Chop.seqs
這個(gè)命令讀取一個(gè)fasta文件，輸出一個(gè).chop.fasta，包含著修剪的整理的序列。它可以用于排序的和未排序的序列。
Classify.otu
這個(gè)命令用來(lái)為一個(gè)OTU得到一個(gè)共有序列分類.
Classify.seqs
這個(gè)命令允許用戶使用多個(gè)不同的方法把他們的序列分配到他們選擇的分類提綱（輪廓）中。當(dāng)前的方法包括采用一個(gè)k-nearest鄰近共有序列和Bayesian方法。分類提綱和參考序列可以在taxonomy outline（
）的頁(yè)面中獲得。這個(gè)命令需要你提供一個(gè)fasta格式的輸入文件和數(shù)據(jù)庫(kù)序列文件，還要有一個(gè)為了參考序列的分類文件。
Classify.tree
這個(gè)命令用來(lái)為一個(gè)進(jìn)化樹的每個(gè)節(jié)點(diǎn)獲得一個(gè)共有序列。
Clear.memory
這個(gè)命令從內(nèi)存中刪除保存的參考數(shù)據(jù)，你可以在已經(jīng)用以下命令(align.seqs, chimera.ccode, chimera.check, chimera.pintail, chimera.slayer和classify.seqs)之一使用過(guò)保存參數(shù)之后使用chear.memory.
Clearcut
這個(gè)讓mothur用戶在mothur內(nèi)部運(yùn)行clearcut程序。chearcut程序是由Idaho大學(xué)的Initiative for Bioinformatics和Evolutionary Studies（IBEST）編寫。了解更多clearcut相關(guān)信息，參看
。注意，在版本1.13.0中，clearcut源碼已經(jīng)加進(jìn)mothur，所以你不再需要clearcut的可執(zhí)行程序。當(dāng)然，如果你愿意，你仍可以從這里下載clearcut的可執(zhí)行文件
Cluster
一旦一個(gè)距離矩陣讀進(jìn)mothur，cluster命令就能用來(lái)給OTUs分派序列。目前，mothur采用三個(gè)分簇方式。
最近鄰：從OTU的最相似序列，一個(gè)OTU內(nèi)的每一個(gè)序列都最多x%的距離
最遠(yuǎn)鄰：一個(gè)OTU內(nèi)的所有序列與OTU內(nèi)的所有其它序列最多有X%的距離
平均鄰近：這個(gè)方法介于另外兩個(gè)算法的中間水平
如果您有一個(gè)算法，請(qǐng)考慮一下貢獻(xiàn)給mothur項(xiàng)目。
Cluster.classic
這個(gè)命令可用于把序列分配到OTUs.它是cluster的dotur工具，目前mothur采用三個(gè)分簇方式。
Cluster.fragments
這個(gè)命令需要一個(gè)fasta格式的文件，也要提供
一個(gè)命名的文件而且當(dāng)一個(gè)序列被確定為一個(gè)更大的序列的一部分時(shí)，列出的與序列名相關(guān)的指明文件就會(huì)被合并。
Cluster.split
這個(gè)命令用來(lái)分配序列到OTUs并輸出一個(gè).list, .rabund, .sabund文件.它把大的距離矩陣拆分為小的部分。
Collect.shared
這個(gè)命令給計(jì)算器生成一個(gè)收集曲線，描繪出不同群落間的相似性或它們的共有豐度。Collector’s curves描繪隨著你樣本增加的個(gè)體，豐富度和多樣性的變化。如果Collector’s curves變得與x軸平行，你可以合理的確信你在采樣這個(gè)工作上做的很好，并且相信曲線上的最終值。否則，你需要繼續(xù)抽樣（采樣），mothur能為collector’s curves生成數(shù)據(jù)，就像sons做的那樣。當(dāng)時(shí)sons將數(shù)據(jù)呈現(xiàn)在sons文件中，實(shí)際上不可能被新手分析解讀。mothur解決了許多這樣的問(wèn)題，因?yàn)閙othur為每一個(gè)估計(jì)值產(chǎn)生分離的文件。
Collect.single
Collect.single利用計(jì)算器（
）生成collector’s curves，描述了豐度，多樣性和樣本的其他特征。Collector’s curves描繪了你抽取額外的個(gè)體時(shí)豐度和多樣性的變化。
Consensus.seqs
這個(gè)命令可以以兩種方式使用：從fasta文件創(chuàng)建一個(gè)共有序列，或者由一個(gè)list文件為每個(gè)OTU創(chuàng)建一個(gè)共有序列。序列必須進(jìn)行排列。
Consensus.seqs的參數(shù)（特征，因素）是fasta, list, name和label
Cooccurrence
這個(gè)命令計(jì)算四個(gè)度量并且測(cè)試他們的顯著性以評(píng)估是否樣式的存在與否比起那些隨機(jī)期待的有所不同。
Corr.axes
這個(gè)命令將會(huì)計(jì)算在shared/relabund文件中每一行（或列）的相關(guān)系數(shù)，記錄在一個(gè)pcoa文件所顯示的軸線上。
Count.groups
這個(gè)命令從一個(gè)特定的組(group)或者一套組算出序列，從下面這些文件類型：group或者shared文件.
Count.seqs
這個(gè)命令計(jì)算在一個(gè)name文件中的代表性序列所代表的序列的數(shù)目。如果提供了一個(gè)group文件，它也會(huì)提供使group計(jì)數(shù)崩潰。
Create.database
這個(gè)命令讀取一個(gè)list文件，*.cons.taxonomy, *.rep.fasta, *.rep.names和可選的group文件，并且創(chuàng)建一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)（database）文件.
Degap.seqs
這個(gè)命令讀取一個(gè)fasta文件并輸出一個(gè).ng.fasta文件，它包含所有間隔字符都被移除后的序列。
Deunique.seqs
這個(gè)命令是unique.seqs的反向命令，從一個(gè)fasta和name文件創(chuàng)建一個(gè)fasta文件。
Deunique.tree
這個(gè)命令把冗余序列標(biāo)識(shí)符重新插入一個(gè)唯一的系統(tǒng)樹。
Dist.seqs
這個(gè)命令將計(jì)算兩個(gè)排序的DNA序列間不正確的成對(duì)距離。這個(gè)方法比通用的DNADIST更好，因?yàn)檫@些距離不是存儲(chǔ)在RAM（隨機(jī)存儲(chǔ)器）中，它們直接打印到一個(gè)文件。而且，通過(guò)它可以忽略可能不感興趣的“大的”距離。這個(gè)命令將產(chǎn)生一個(gè)列格式的距離矩陣，這個(gè)矩陣與read.dist命令中的“列選項(xiàng)”相互兼容。這個(gè)命令也能生成一個(gè)phylip格式的距離矩陣。它有多個(gè)如何操縱gap比較和末端gap的選項(xiàng)。
Dist.shared
這個(gè)命令將會(huì)生成一個(gè)phylip格式的距離矩陣，描述多個(gè)組的差異性。這個(gè)命令將會(huì)計(jì)算任何一個(gè)描述群落成員或結(jié)構(gòu)相似性的計(jì)算子（calculator）。
Fastq.info
這個(gè)命令讀取一個(gè)fastq文件，并創(chuàng)建一個(gè)fasta和quality文件。
Filter.seqs
filter.seqs從基于一個(gè)由用戶定義標(biāo)準(zhǔn)的排列刪除列。例如，生成的與參照排列相對(duì)的排列經(jīng)常有一些列的每一個(gè)字符是“.”或者“-”。這些列不會(huì)包含用于計(jì)算距離，因?yàn)樗麄儽旧頉]有信息。通過(guò)刪除這些列，計(jì)算大量的距離這一過(guò)程就會(huì)加快。同樣，人們也喜歡用溫和的或強(qiáng)制的屏蔽方式（比如Lane’ mask）屏蔽他們的序列來(lái)移除可變區(qū)域。這類屏蔽只在深層次系統(tǒng)進(jìn)化分析時(shí)鼓勵(lì)使用，而在精細(xì)水平的分析比如需要計(jì)算OTUs中不建議。
Get.coremicrobiome
這個(gè)命令決定可變數(shù)目的樣本中的OTUs的片段，為了不同的最小相關(guān)豐富度。
Get.current
這個(gè)命令允許你找出mothur已經(jīng)為每個(gè)類型保存為current的一些文件，你也可以清空current文件。
Get.group
這個(gè)命令允許你為儲(chǔ)存在內(nèi)存中的多個(gè)樣本的OTU數(shù)據(jù)獲得一個(gè)已有的不同群組的目錄。這個(gè)特征應(yīng)該在為其它命令使用group選項(xiàng)時(shí)有幫助。
Get.groups
這個(gè)命令從一個(gè)特定group或一套groups選擇序列。group來(lái)自以下文件類型：fasta，name，group，list，taxonomy.
Get.label
這個(gè)命令是你為當(dāng)前儲(chǔ)存在內(nèi)存中的每行OTU數(shù)據(jù)獲得一個(gè)標(biāo)簽的目錄。這個(gè)特征應(yīng)該在為其他命令使用label選項(xiàng)時(shí)有幫助。
Get.lineage
這個(gè)命令讀取一個(gè)taxonomy文件和一個(gè)分類（taxon），并產(chǎn)生一個(gè)新的文件只包含有來(lái)自分類的序列。你也許也會(huì)把一個(gè)fasta, name, group, list或者align.report 文件包括到這個(gè)命令中，mothur將會(huì)為那些只包含有選定序列的文件生成新的文件。
Get.otulist
這個(gè)命令解析一個(gè)list文件并且為每一個(gè)包含兩列的距離創(chuàng)建一個(gè).otu文件。之一列是OTU數(shù)目，第二列是那個(gè)OTU中的序列的列表（list）。
Get.oturep
bin.seqs命令能為所有序列報(bào)告OTU號(hào)碼（即編號(hào)），get.oturep命令生成一個(gè)fasta格式的序列文件，為每個(gè)OTU只包含一個(gè)代表性序列。為每個(gè)OTU的定義生成一個(gè).rep.fasta和.rep.names文件。
Get.otus
這個(gè)命令選擇出包含有來(lái)自一個(gè)特定group或一副groups的序列的OTUs.
Get.rabund
這個(gè)命令將生成一個(gè)rabund文件，它基于你輸入到mothur的OTU數(shù)據(jù)。
Get.relabund
這個(gè)命令計(jì)算一個(gè)樣本中的每個(gè)OTU的相對(duì)豐富度。它將輸出一個(gè).relabund文件。
Get.sabund
這個(gè)命令將產(chǎn)生一個(gè)sabund文件，基于你讀入mothur的OTU數(shù)據(jù)。例如，如果你讀入一個(gè)list文件，get.sabund將產(chǎn)生對(duì)應(yīng)的sabund文件。
Get.seqs
這個(gè)命令把一個(gè)序列名字的列表（list）和一個(gè)fasta，name，group，list或align.report文件生成一個(gè)新的文件，只包含在list中出現(xiàn)的文件。這個(gè)命令也許用于和list.seqs命令結(jié)合以幫助顯示一個(gè)序列結(jié)合。
Get.sharedseqs
這個(gè)命令取一個(gè)list和group文件并為每個(gè)距離輸出一個(gè)*.shared.seqs文件。這對(duì)于那些情況有用，即你或許對(duì)于確定特殊groups中特定的或共有的序列感興趣。這樣接下來(lái)你就可以分類。
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