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FFTW3是一個(gè)高效的快速傅里葉變換庫，被廣泛應(yīng)用于信號(hào)處理和圖像處理等領(lǐng)域。在Linux下安裝FFTW3庫可以便于我們?cè)诖a開發(fā)和數(shù)據(jù)處理中進(jìn)行快速的傅里葉變換操作。但是對(duì)于一些沒有安裝過軟件的初學(xué)者來說，在Linux下安裝FFTW3可能會(huì)遇到一定的困難。在本文中，將為大家講解如何在Linux系統(tǒng)中輕松安裝FFTW3庫。
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之一步：安裝依賴庫
在安裝FFTW3庫前，我們需要先安裝一些必要的依賴庫。這些依賴庫包括GNU Scientific Library、GNU Multiple Precsion Arithmetic Library和OpenMP庫。在終端中輸入以下指令安裝這些依賴庫。
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sudo apt-get install libgsl-dev libmpfr-dev libmpc-dev libblas-dev libopenblas-dev libopenmpi-dev openmpi-bin
“`
第二步：下載FFTW3庫
在Linux下，我們可以從官方網(wǎng)站上下載FFTW3庫的源碼，然后進(jìn)行編譯和安裝。打開瀏覽器，訪問FFTW3官方網(wǎng)站https://www.fftw.org/。在網(wǎng)站上找到“Download”鏈接，然后選擇需要下載的版本，點(diǎn)擊下載鏈接。
wget https://github.com/FFTW/fftw3/archive/refs/tags/v3.3.9.tar.gz
tar xf v3.3.9.tar.gz
第三步：編譯安裝
下載完FFTW3庫源碼后，在終端中輸入以下指令進(jìn)行編譯。在此過程中需要注意，根據(jù)不同電腦平臺(tái)的情況，還需要針對(duì)平臺(tái)做出相應(yīng)的配置。
“`
cd fftw3-3.3.9/
./configure –enable-shared –disable-static CC=gcc MPIF90=mpif90
make
make install
“`
在上述指令中，“–enable-shared”表示要生成共享庫，“–disable-static”表示不要生成靜態(tài)庫。還需要設(shè)置編譯器CC和MPIF90，并在配置時(shí)將OpenMP和MPI支持打開。
當(dāng)編譯完成后，我們需要將生成的庫文件添加到系統(tǒng)環(huán)境變量中。在以下命令中，我們將文件路徑添加到/etc/ld.so.conf中，并運(yùn)行l(wèi)dconfig命令以更新系統(tǒng)環(huán)境變量。
“`
sudo vi /etc/ld.so.conf
# add the following line to the end of file
/usr/local/lib
sudo ldconfig
“`
第四步：驗(yàn)證安裝
完成以上步驟后，我們需要驗(yàn)證安裝是否成功。在終端中輸入以下指令進(jìn)行驗(yàn)證。
“`
ld -lfftw3 -lm -L/usr/local/lib
“`
如果我們看到以下輸出，說明FFTW3庫已經(jīng)安裝成功了。
“`
/usr/bin/ld: cannot find -lfftw3
collect2: error: ld returned 1 exit status
“`
本文介紹了Linux下FFTW3庫的安裝步驟，我們可以通過以上指令輕松安裝FFTW3庫。對(duì)于一些初學(xué)者來說，在Linux環(huán)境下安裝軟件可能會(huì)有一定的挑戰(zhàn)性，但只要按照本文中的步驟，即可以輕松上手！
相關(guān)問題拓展閱讀：
- 為什么fftw安裝后沒有mpi
- 為什么編譯出的 gromacs 多 GPU 加速效果不好
為什么fftw安裝后沒有mpi
首先，你要確認(rèn)你安裝fftw和mpich的路徑，然后找到lammps/src/MAKE/Makefile.g++,對(duì)它進(jìn)行編輯修改我的mpi路徑是/opt/mpich2，MPI_INC=-DMPICH_SKIP_MPICXX-I/opt/mpich2/includeMPI_PATH=-L/opt/mpich2/libfftw路徑是/opt/fftw215,FFT_INC=-DFFT_FFTW-I/opt/fftw215/includeFFT_PATH=-L/opt/fftw215/lib其它的不用改然后打開終春笑行端，在src目錄下輸入命令：makeg++等待十幾分鐘最后生成了可執(zhí)行文件lmp_g++說明安裝成功。然后在你的主文件夾下找到.bashrc文件，在最后加入下面的內(nèi)容LD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich2/lib:/opt/fftw215/lib:/home/sky/tools/lammps/src/lib:$LD_LIBRARY_PATH注意按照你自己的安裝路徑進(jìn)行扒嘩改動(dòng)。然后用命令source~/.bashrc進(jìn)行更新。然后lmp_g++就可以用了升則然后。。。然后你該給我分了。
為什么編譯出的 gromacs 多 GPU 加速效果不好
一個(gè)可能的原因是 boost 的版本較低。
改進(jìn)辦法是執(zhí)行如下命令：
# sudo apt-get install libboost-all-dev
然后按照文章步驟安裝就可以了，為了便于閱覽，我們把步驟也貼在這里：
機(jī)器操作系統(tǒng)為 Ubuntu14.04，安裝了 CUDA7.5。
在家目錄下建立 gromacs 目錄做為工作目錄下，搭困拷貝了 4 個(gè)
安裝包
：
openmpi-1.6.5.
tar.gz
fftw-3.3.3.tar.gz
cmake-2.8.9.tar
gromacs-5.0.4.tar.gz
1.安裝 openmpi
$ cd ~/gromacs
$ tar –xvf openmpi-1.6.5.tar.gz
$ cd openmpi-1.6.5
$ ./configure –prefix=/opt/openmpi
$ sudo make
$ sudo make install
2.安裝 fftw
$ 察枝嘩cd ~/gromacs
$ tar –xvf fftw-3.3.3.tar.gz
$ cd fftw-3.3.3
$ ./configure –prefix=/opt/fftw –enable-float –enable-shared
$ sudo make
$ sudo make install
3.安裝 cmake
$ cd ~/gromacs
$ tar xvf cmake-2.8.9.tar
$ cd cmake-2.8.9
$ ./bootstrap
$ sudo make
$ sudo make install
4.編譯 gromacs GPU 版本
$ cd ~/gromacs
$ mkdir build-gpu
$ cd build-gpu
$ sudo cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include -DGMX_MPI=ON –DGMX_GPU=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-5.0.4-gpu
$ sudo make
$ sudo make install
步驟 4 編譯 gromacs 時(shí)，cmake 步驟如果有如下提示信息的話，敗行說明 boost 版本低：
配置環(huán)境變量：
$ vi ~/.bashrc
增加如下內(nèi)容：
export PATH=$PATH:/usr/local/cuda/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/lib64
export PATH=$PATH:/opt/openmpi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/lib
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/fftw/lib
export PATH=$PATH:/opt/gromacs-5.0.4-gpu/bin
保存退出。
關(guān)掉當(dāng)前終端窗口，重新開啟一個(gè)終端窗口。
下面我們測試一下樣例程序在單 GPU 和多 GPU 的數(shù)據(jù)。
測試服務(wù)器配置如下：
CPU：2 顆 E5-2620（6 核心）
內(nèi)存：64G
GPU：2 片 K80（每片 K80 有 2 核心，所以有 4 個(gè) GPU 設(shè)備）
在家目錄下建立目錄 test，將 ADH_bench_systems.tar.gz 拷貝到該目錄下。
$ cd ~/test
$ tar xvf ADH_bench_systems.tar.gz
$ cd adh_cubic
$ grompp_mpi –f rf_verlet.mdp
單 GPU 的調(diào)用命令是：
$ mdrun_mpi
或
$ mpirun –np 1 mdrun_mpi
多 GPU 的調(diào)用命令是：
$ mpirun –np 2 mdrun_mpi
或
$ mpirun –np 3 mdrun_mpi
或
$ mpirun –np 4 mdrun_mpi
單 GPU 設(shè)備執(zhí)行數(shù)據(jù)如下圖：
2 個(gè) GPU 設(shè)備執(zhí)行數(shù)據(jù)如下圖：
3 個(gè) GPU 設(shè)備執(zhí)行數(shù)據(jù)如下圖：
4 個(gè) GPU 設(shè)備執(zhí)行數(shù)據(jù)如下圖：
linux下fftw3安裝的介紹就聊到這里吧，感謝你花時(shí)間閱讀本站內(nèi)容，更多關(guān)于linux下fftw3安裝,輕松上手！Linux下fftw3安裝教程,為什么fftw安裝后沒有mpi,為什么編譯出的 gromacs 多 GPU 加速效果不好的信息別忘了在本站進(jìn)行查找喔。
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本文題目：輕松上手！Linux下fftw3安裝教程(linux下fftw3安裝)
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