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NCBIPro（National Center for Biotechnology Information Protein）是由美國國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）開發(fā)的一個基于蛋白質(zhì)序列的數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫涵蓋了來自不同生物領(lǐng)域的蛋白質(zhì)序列，包括人類、動物、植物、細菌和病毒等。在這篇文章中，我們將詳細介紹NCBIPro數(shù)據(jù)庫的內(nèi)容和功能。
一、NCBIPro數(shù)據(jù)庫的構(gòu)成
NCBIPro數(shù)據(jù)庫由三個主要部分組成：蛋白質(zhì)序列、注釋和相似性搜索。下面將分別介紹這三個部分。
1.蛋白質(zhì)序列
NCBIPro數(shù)據(jù)庫包含了所有已知蛋白質(zhì)序列的信息。這些序列可以來源于不同的生物體，包括人類、動物、植物、細菌和病毒等。這些蛋白質(zhì)序列是通過高通量測序技術(shù)、質(zhì)譜分析或基因克隆等方法獲得的。在NCBIPro數(shù)據(jù)庫中，每個蛋白質(zhì)序列都有一個唯一的標識符，稱為NCBIPro ID。這些ID可以用來查找和比較不同蛋白質(zhì)序列之間的相似性和區(qū)別。
2.注釋
注釋是對蛋白質(zhì)序列進行詳細描述和分類的過程。在NCBIPro數(shù)據(jù)庫中，每個蛋白質(zhì)序列都有一些相關(guān)的注釋信息，包括序列長度、氨基酸組成、功能特征、亞細胞定位、基因組位置等。這些注釋信息可以幫助用戶了解特定蛋白質(zhì)序列的重要性和功能。此外，NCBIPro還提供了一些額外的注釋信息，包括酶的功能分類、蛋白質(zhì)家族信息、PDB結(jié)構(gòu)等。
3.相似性搜索
相似性搜索是指通過比較蛋白質(zhì)序列之間的相似性，找到與已知蛋白質(zhì)序列有類似結(jié)構(gòu)或功能的新蛋白質(zhì)序列。在NCBIPro數(shù)據(jù)庫中，用戶可以使用不同的工具和算法來搜索相似性序列。其中，最常見的工具是BLAST（基于局部序列相似性搜索工具）。用戶可以將已知的蛋白質(zhì)序列與數(shù)據(jù)庫中的所有蛋白質(zhì)序列進行比較，找到與其相似的序列，并進一步分析它們的結(jié)構(gòu)和功能。
二、NCBIPro數(shù)據(jù)庫的功能
NCBIPro數(shù)據(jù)庫有許多可用的功能，這里介紹其中的幾個。
1.搜索和瀏覽蛋白質(zhì)
用戶可以通過在NCBIPro數(shù)據(jù)庫中使用關(guān)鍵詞搜索特定的蛋白質(zhì)。在搜索結(jié)果頁面中，用戶可以瀏覽蛋白質(zhì)序列、注釋信息和相關(guān)文獻。此外，用戶還可以使用“BLAST”工具來搜索相似性序列，以發(fā)現(xiàn)與已知蛋白質(zhì)序列有類似結(jié)構(gòu)或功能的新蛋白質(zhì)序列。用戶還可以將搜索結(jié)果存儲在自己的帳戶中，以供后續(xù)使用。
2.下載數(shù)據(jù)和工具
NCBIPro數(shù)據(jù)庫提供了多種工具和數(shù)據(jù)的下載，包括蛋白質(zhì)序列、注釋信息、結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)、基因組序列等。這些數(shù)據(jù)可以用于進一步研究新的蛋白質(zhì)序列，并幫助用戶了解蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能。
3.探索蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)
除了蛋白質(zhì)序列外，NCBIPro數(shù)據(jù)庫還提供了大量的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。用戶可以使用“MMDB”工具來查看具體的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息，并分析蛋白質(zhì)之間的相似性和差異性。此外，NCBIPro數(shù)據(jù)庫還提供了“Cn3D”工具，該工具可以幫助用戶可視化蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和相互作用，以進一步了解蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能。
4.訪問其他數(shù)據(jù)庫
NCBIPro數(shù)據(jù)庫還與其他數(shù)據(jù)庫進行了鏈接，包括UniProt、PDB、KEGG、EMBL等。用戶可以使用NCBIPro數(shù)據(jù)庫中的相關(guān)鏈接，獲取更多關(guān)于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的信息。
NCBIPro數(shù)據(jù)庫是一個非常有用的資源，可以幫助用戶了解蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能，并在研究新蛋白質(zhì)序列時提供支持。通過NCBIPro，用戶可以搜索、瀏覽和下載多種類型的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)，并使用不同的工具來分析和比較蛋白質(zhì)序列之間的相似性和區(qū)別，從而推動蛋白質(zhì)科學研究的發(fā)展。
相關(guān)問題拓展閱讀：
- 核酸序列、結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫有哪些？
- 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫包含哪些內(nèi)容
核酸序列、結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫有哪些？
美國的核酸數(shù)據(jù)庫GenBank
歐洲核酸序列數(shù)據(jù)庫EMBL
日本核酸序列數(shù)據(jù)庫DDBJ
這是目前世界三大核酸數(shù)據(jù)庫.不本我們用的最多的還是NCBI,基本上是不用日本的!
蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫包含哪些內(nèi)容
蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫
1. PIR和PSDPIR國際蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(PSD)是由蛋白質(zhì)信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質(zhì)序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(JIPID)共同維護的國際上更大的公共蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫。這是一個全面的、經(jīng)過注釋的、非冗余的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，包含超過142,000條蛋白質(zhì)序列(至99年9月)，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質(zhì)序列。所有序列數(shù)據(jù)都經(jīng)過整理，超過99%的序列已按蛋白質(zhì)家族分類，一半以上還按蛋白質(zhì)超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結(jié)構(gòu)、基因組和文獻數(shù)據(jù)庫的交叉索引，以及數(shù)據(jù)庫內(nèi)部條目之間的索引，這些內(nèi)部索引幫助用戶在包括復(fù)合物、酶－底物相互作用、活化和調(diào)控級聯(lián)和具有共同特征的條目之間方便的檢索。每季度都發(fā)行一次完整的數(shù)據(jù)庫，每周可以得到更新部分。
PSD數(shù)據(jù)庫有幾個輔助數(shù)據(jù)庫，如基于超家族的非冗余庫等。PIR提供三類序列搜索服務(wù)：基于文本的交互式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結(jié)合序列相似性、注釋信息和蛋白質(zhì)家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結(jié)構(gòu)域搜索GeneFIND等。
PIR和PSD的網(wǎng)址是：
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數(shù)據(jù)庫下載地址是：
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是經(jīng)過注釋的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。數(shù)據(jù)庫由蛋白質(zhì)序列條目構(gòu)成，每個條目包含蛋白質(zhì)序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質(zhì)的功能、轉(zhuǎn)錄后修飾、特殊位點和區(qū)域、二級結(jié)構(gòu)、四級結(jié)構(gòu)、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關(guān)系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗余序列，并與其它30多個數(shù)據(jù)建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質(zhì)序列庫和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)庫等。
利用序列提取系統(tǒng)(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的數(shù)據(jù)庫。
SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質(zhì)序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。
SWISS-PROT的網(wǎng)址是：
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3. PROSITE
PROSITE數(shù)據(jù)庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質(zhì)位點和序列模式，并能根據(jù)這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質(zhì)序列應(yīng)該屬于哪一個蛋白質(zhì)家族。有的情況下，某個蛋白質(zhì)與已知功能蛋白質(zhì)的整體序列相似性很低，但由于功能的需要保留了與功能密切相關(guān)的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結(jié)合位點、與金屬離子結(jié)合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質(zhì)結(jié)合的區(qū)域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構(gòu)建的profile，能更敏感地發(fā)現(xiàn)序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關(guān)檢索服務(wù)。
PROSITE的網(wǎng)址是：
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4. PDB
蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數(shù)據(jù)來源于X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數(shù)據(jù)，經(jīng)過整理和確認后存檔而成。目前PDB數(shù)據(jù)庫的維護由結(jié)構(gòu)生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主服務(wù)器和世界各地的鏡像服務(wù)器提供數(shù)據(jù)庫的檢索和下載服務(wù)，以及關(guān)于PDB數(shù)據(jù)文件格式和其它文檔的說明，PDB數(shù)據(jù)還可以從發(fā)行的光盤獲得。使用Raol等軟件可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結(jié)構(gòu)。
RCSB的PDB數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址是：
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5. SCOP
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類(SCOP)數(shù)據(jù)庫詳細描述了已知的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)之間的關(guān)系。分類基于若干層次：家族，描述相近的進化關(guān)系；超家族，描述遠源的進化關(guān)系；折疊子(fold)，描述空間幾何結(jié)構(gòu)的關(guān)系；折疊類，所有折疊子被歸于全α、全β、α/β、α＋β和多結(jié)構(gòu)域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗余的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結(jié)構(gòu)序列遠緣的已知結(jié)構(gòu)序列。
SCOP的網(wǎng)址是：
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6. COG
蛋白質(zhì)直系同源簇(COGs)數(shù)據(jù)庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白，根據(jù)系統(tǒng)進化關(guān)系分類構(gòu)建而成。COG庫對于預(yù)測單個蛋白質(zhì)的功能和整個新基因組中蛋白質(zhì)的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質(zhì)與所有COGs中的蛋白質(zhì)進行比對，并把它歸入適當?shù)腃OG簇。COG庫提供了對COG分類數(shù)據(jù)的檢索和查詢，基于Web的COGNITOR服務(wù)，系統(tǒng)進化模式的查詢服務(wù)等。
COG庫的網(wǎng)址是：
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本文名稱：NCBIPro數(shù)據(jù)庫詳解：涵蓋什么內(nèi)容？(ncbipro數(shù)據(jù)庫包括)
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