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隨著科技的不斷發(fā)展，DNA數(shù)據(jù)的應(yīng)用范圍在逐漸擴(kuò)大。在犯罪偵查、親子認(rèn)證、醫(yī)學(xué)檢測(cè)等領(lǐng)域，越來(lái)越多的案例需要借助DNA鑒定技術(shù)進(jìn)行分析。為了更好地滿足這些需求，美國(guó)賓夕法尼亞大學(xué)的醫(yī)學(xué)院與哈瓦德大學(xué)醫(yī)學(xué)院等機(jī)構(gòu)共同合作，開(kāi)發(fā)了首個(gè)完整載入DNA鑒定數(shù)據(jù)的icbi數(shù)據(jù)庫(kù)，并于近日正式發(fā)布了該數(shù)據(jù)庫(kù)。
成都創(chuàng)新互聯(lián)公司專業(yè)為企業(yè)提供鞏留網(wǎng)站建設(shè)、鞏留做網(wǎng)站、鞏留網(wǎng)站設(shè)計(jì)、鞏留網(wǎng)站制作等企業(yè)網(wǎng)站建設(shè)、網(wǎng)頁(yè)設(shè)計(jì)與制作、鞏留企業(yè)網(wǎng)站模板建站服務(wù)，十余年鞏留做網(wǎng)站經(jīng)驗(yàn)，不只是建網(wǎng)站，更提供有價(jià)值的思路和整體網(wǎng)絡(luò)服務(wù)。
ICBI數(shù)據(jù)庫(kù)是Interinstitutional Consortium for Biological and Biomolecular Imaging的縮寫(xiě)，中文意為“生物和生物分子成像跨機(jī)構(gòu)聯(lián)盟”。該數(shù)據(jù)庫(kù)是由美國(guó)賓夕法尼亞大學(xué)、哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院、布萊恩-麥克馬諾斯自閉癥中心和國(guó)家癌癥研究所等機(jī)構(gòu)聯(lián)合開(kāi)發(fā)的。它的主要功能是收集和整合生命科學(xué)中的大規(guī)模數(shù)據(jù)，并為研究者提供更全面、更深入的數(shù)據(jù)分析和探索。
ICBI數(shù)據(jù)庫(kù)的發(fā)布具有重要意義。目前，雖然全球范圍內(nèi)的DNA數(shù)據(jù)庫(kù)很多，但絕大部分都只是收集和管理著DNA樣本的基本信息。而ICBI數(shù)據(jù)庫(kù)的獨(dú)特之處在于，它不僅收集了DNA樣本的基本信息，還包含了DNA序列數(shù)據(jù)、基因表達(dá)數(shù)據(jù)、疾病標(biāo)記物等詳細(xì)信息，這讓它成為了全球范圍內(nèi)首個(gè)完整載入DNA鑒定數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫(kù)。ICBI數(shù)據(jù)庫(kù)的發(fā)布，將有助于加強(qiáng)DNA科技在生命科學(xué)中的應(yīng)用，推動(dòng)DNA鑒定技術(shù)的發(fā)展和完善。
ICBI數(shù)據(jù)庫(kù)具體包含了哪些數(shù)據(jù)呢？根據(jù)官方介紹，ICBI數(shù)據(jù)庫(kù)收集了超過(guò)35萬(wàn)個(gè)獨(dú)立樣本的DNA序列數(shù)據(jù)，這其中既包括了常見(jiàn)基因型，也包括了罕見(jiàn)的突變基因型。此外，ICBI數(shù)據(jù)庫(kù)還收集了來(lái)自全球多個(gè)地區(qū)的基因表達(dá)數(shù)據(jù)、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)、細(xì)胞圖像數(shù)據(jù)以及疾病標(biāo)記物數(shù)據(jù)等。通過(guò)這些詳細(xì)、豐富的數(shù)據(jù)，研究者們能夠更加深入地了解各類生物學(xué)問(wèn)題，涵蓋了不同領(lǐng)域，既有醫(yī)學(xué)、也有基因組學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)等多個(gè)方向。
那么，ICBI數(shù)據(jù)庫(kù)將對(duì)科研領(lǐng)域以及社會(huì)帶來(lái)哪些影響呢？ICBI數(shù)據(jù)庫(kù)的發(fā)布將為生物醫(yī)學(xué)研究提供更加便利和全面的數(shù)據(jù)，可以增加科學(xué)家們的研究深度和廣度，同時(shí)有助于發(fā)現(xiàn)新的研究方向。ICBI數(shù)據(jù)庫(kù)具備基礎(chǔ)研究和臨床應(yīng)用的雙重價(jià)值，為醫(yī)學(xué)診斷、疾病治療、藥物研發(fā)等方面帶來(lái)革命性的創(chuàng)新。ICBI數(shù)據(jù)庫(kù)的發(fā)布，有助于推動(dòng)全球范圍內(nèi)的DNA數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化和認(rèn)證制度的建立，進(jìn)一步提高DNA數(shù)據(jù)的安全性和可靠性。
值得一提的是，雖然ICBI數(shù)據(jù)庫(kù)的發(fā)布在科研社區(qū)引起了廣泛的關(guān)注和熱議，但它也面臨著一些挑戰(zhàn)和風(fēng)險(xiǎn)。ICBI數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)規(guī)模龐大，對(duì)于數(shù)據(jù)的收集、整合、管理和維護(hù)都需要巨大的人力和物力支持。ICBI數(shù)據(jù)庫(kù)中的敏感數(shù)據(jù)涉及到隱私問(wèn)題。這需要研究者們對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行高效管理，從而確保數(shù)據(jù)的安全性和隱私性。
ICBI數(shù)據(jù)庫(kù)的發(fā)布標(biāo)志著DNA數(shù)據(jù)管理和利用的一個(gè)重要里程碑，有望為研究者們提供更為便捷、準(zhǔn)確、豐富的數(shù)據(jù)資源。但是，我們也需要認(rèn)識(shí)到，科技發(fā)展的每一步都需要審慎思考、務(wù)實(shí)處理，避免數(shù)據(jù)濫用和信息泄露，保障數(shù)據(jù)的安全性和隱私性。希望這個(gè)全球頂尖的DNA數(shù)據(jù)庫(kù)能夠取得更加長(zhǎng)遠(yuǎn)和宏大的成果，為人類的生命科學(xué)研究和發(fā)展做出貢獻(xiàn)。
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- 生物催化和生物降解的數(shù)據(jù)庫(kù)及網(wǎng)址有哪些
- 列舉常用的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)及序列對(duì)比常用軟件及特點(diǎn)
生物催化和生物降解的數(shù)據(jù)庫(kù)及網(wǎng)址有哪些
一般來(lái)說(shuō)所用的分析工具有在線跟下載的下面簡(jiǎn)要列舉一些常用在線軟件的使用1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，輸出序列長(zhǎng)度、載體序列的區(qū)域、可能使用的克隆載體都有哪些。一、步驟：
打開(kāi)google首頁(yè)，搜索VecScreen，進(jìn)入VecScreen首頁(yè)，復(fù)制序列，運(yùn)行，Viewreport。
二、結(jié)果：
輸出序列長(zhǎng)度918bp，載體序列的區(qū)域456bp——854bp.
克隆載體：M13mp18phage，pGEM-13Zf()，pBR322，pRKW2。
2、使用相應(yīng)工具，分析下列未者帆知序列的重復(fù)序列情況，輸出重復(fù)序列的區(qū)域、包含的所有重復(fù)序列的類型、重復(fù)序列的總長(zhǎng)度及MaskedSequence。
一、步驟：
進(jìn)入google首頁(yè)，進(jìn)入ICBI主頁(yè)，對(duì)序列進(jìn)行BLAST。得出序列是human的。
進(jìn)入google首頁(yè)，搜索，進(jìn)入主頁(yè)，進(jìn)入，復(fù)制序列，DNAsource選擇human，運(yùn)行！點(diǎn)擊超鏈接，在結(jié)果中選擇
AnnotationFile：_.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，輸出CpG島的長(zhǎng)度、區(qū)域、GC數(shù)量、所占首粗雹的百分比及Obs/Exp值。一、步驟：
進(jìn)入google首頁(yè)，搜索CpGPlot，進(jìn)入CpGPlot主頁(yè)，program中選擇cpgreport復(fù)制序列，運(yùn)行！
二、結(jié)果：
CpG島的長(zhǎng)度：385bp
區(qū)域：48——432；
GC數(shù)量：SumCG=297，百分?jǐn)?shù)=77.14
Obs/Exp：1.01、4、預(yù)測(cè)下面序列的啟動(dòng)子，輸出可能的啟動(dòng)子序列及相應(yīng)的位置。一、步驟：
進(jìn)入google首頁(yè)，進(jìn)入ICBI主頁(yè)，對(duì)序列進(jìn)行BLAST。凳耐得出序列是human的
進(jìn)入google首頁(yè)，搜索NeuralNetworkPromoterPrediction，進(jìn)入主頁(yè)，復(fù)制序列，選擇eukaryote，運(yùn)行！
二、結(jié)果：
位置：711—761，1388—1438，1755—1805；
5、運(yùn)用SpliceSitePrediction工具分析下面序列，分別輸出內(nèi)含子－外顯子剪接位點(diǎn)給體和受體的區(qū)域及剪接處位置的堿基。一、步驟：
進(jìn)入google首頁(yè)，進(jìn)入ICBI主頁(yè)，對(duì)序列進(jìn)行BLAST。得出序列是human的
進(jìn)入google首頁(yè)，搜索SpliceSitePrediction，進(jìn)入主頁(yè)，復(fù)制序列。Organi選擇Humanorother。其他默認(rèn)，運(yùn)行！
二、結(jié)果：
供體：
受體：
6、對(duì)下面序列進(jìn)行六框翻譯，利用GENESCAN綜合分析(首先確定給定序列的物種來(lái)源)哪個(gè)ORF是正確的，輸出六框翻譯（抓圖）和GENESCAN結(jié)果(包括predictedgenes/exons和predictedpeptidesequence(s)兩個(gè)部分)。一、步驟：
進(jìn)入google首頁(yè)，進(jìn)入ICBI主頁(yè)，對(duì)序列進(jìn)行BLAST。得出序列是Zea的
進(jìn)入google首頁(yè)；搜索NCBI，進(jìn)入主頁(yè)，選擇allresources（A~Z），選擇O，選擇ORFfinder。復(fù)制序列，默認(rèn)，運(yùn)行！
二、結(jié)果：ORF圖
三、步驟：進(jìn)入google首頁(yè)，搜索GENESCAN，進(jìn)入主頁(yè)，Organi:Maize，，其他默認(rèn)，運(yùn)行！
四、結(jié)果：
G7、進(jìn)入REBASE限制性內(nèi)切酶數(shù)據(jù)庫(kù)，輸出AluI、MboI、EcoI三種內(nèi)酶的RecognitionSequence和Type。
一、步驟：進(jìn)入google首頁(yè)，googleinEnglish，搜索REBASE，進(jìn)入主頁(yè)，分別輸入AluI、MboI、EcoI，運(yùn)行！
在MboI中選擇之一個(gè)，EcoI選擇第二個(gè)。
二、結(jié)果：
ENSCAN圖
8、使用引物設(shè)計(jì)工具，針對(duì)下列未知序列設(shè)計(jì)一對(duì)引物，要求引物長(zhǎng)度為20-25bp，擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度bp，退火溫度為50-60℃。請(qǐng)寫(xiě)出選擇的一對(duì)引物（ForwardPrimerandReversePrimer）、及相應(yīng)的GC含量、引物的位點(diǎn)、Tm值和產(chǎn)物長(zhǎng)度。一、步驟：進(jìn)入google首頁(yè)，搜索genefisher，進(jìn)入主頁(yè)，復(fù)制fasta格式，chechkinput，sunmit，；；設(shè)置一下引物長(zhǎng)度為20-25bp，擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度bp，退火溫度為50-60℃；。
二、結(jié)果：
GC含量：
引物的位點(diǎn)：
Tm值：
產(chǎn)物長(zhǎng)度：。
9、將下面的序列用NEBcutter2.0工具分析，用產(chǎn)生平末端及有四個(gè)酶切位點(diǎn)的酶進(jìn)行酶切，并用抓圖提交膠圖（viewgel），要求1.4%agarose和Marker為100bpDNALadder。
一、步驟：
進(jìn)入google首頁(yè)，進(jìn)入ICBI主頁(yè)，對(duì)序列進(jìn)行BLAST，得知是linear。
進(jìn)入google首頁(yè)，搜索NEBcutter2.0，進(jìn)入主頁(yè)，選擇linear，運(yùn)行！選擇customdigest，，把“1”改為“4”，選擇平末端，后digest。Viewgel。選擇1.4%agarose和Marker為100bp。
二、結(jié)果：
然后就是蛋白質(zhì)的了一般都在expasy里swiss-prot適用于檢索的computepi/mw求理論分子量分子量protparam物理化學(xué)性質(zhì)protscale親水性疏水性peptidemass分析蛋白酶和化學(xué)試劑處理后的內(nèi)切產(chǎn)物
NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)
數(shù)據(jù)庫(kù)相似性搜索——核酸序列與核酸數(shù)據(jù)庫(kù)比較（BLASTN）
蛋白質(zhì)序列與數(shù)據(jù)庫(kù)中蛋白質(zhì)序列比較（BLASTP）
兩序列比對(duì)（Aligntwosequences）
DNA序列分析——ORFFinder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)
分析實(shí)驗(yàn)序列外顯子部分——GENSCAN（genes.mit.e/GENSCAN.html）
分析實(shí)驗(yàn)序列的可能酶切位點(diǎn)——NEBcutter2.0(tools.neb/NEBcutter2/index.php)
注：Customdigest–viewgel
限制性內(nèi)切酶數(shù)據(jù)庫(kù)——REBASE(rebase.neb/rebase/rebase.html)
設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)序列——Genefisher
Primer3
蛋白質(zhì)序列分析及結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)：
1.預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的分子量及等電點(diǎn):ExPASy（ComputepI/Mw）
2.分析蛋白質(zhì)的基本物理化學(xué)性質(zhì)：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白質(zhì)的親水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白質(zhì)在各種蛋白酶和各種化學(xué)試劑處理后的內(nèi)切產(chǎn)物：ExPASy（PeptideMass）
5.分析蛋白質(zhì)的信號(hào)肽：ExPASy（SignalP）
6.預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)：ExPASy（Jpred3）
多物種分子系統(tǒng)發(fā)育分析：EMBL（www.ebi.ac.uk/embl/)–Toolbox–Clustal2W
人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列：NP_004788
列舉常用的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)及序列對(duì)比常用軟件及特點(diǎn)
一般來(lái)說(shuō)所用的分析工具有在線跟下載的 下面簡(jiǎn)要列舉一些常用在線軟件的使用 1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，輸出序列長(zhǎng)度、載體序列的區(qū)域、可能使用的克隆載體都有哪些。一、步驟：
打開(kāi)google 首頁(yè)，搜索VecScreen，進(jìn)入VecScreen首頁(yè)，復(fù)制序列，運(yùn)行，View report。
二、結(jié)果：
輸出序列長(zhǎng)度918bp，
載體序列的區(qū)域456bp——854bp.
克隆載體：M13mp18 phage，pGEM-13Zf(+)，pBR322，pRKW2。
2、使用相應(yīng)工具，分析下列未知序列的重復(fù)序列情況，輸出重復(fù)序列的區(qū)域、包含的所有重復(fù)序列的類型、重復(fù)序列的總長(zhǎng)度及Masked Sequence。
一、步驟：
進(jìn)入google首頁(yè)，進(jìn)悔搜入ICBI主頁(yè)，對(duì)序列進(jìn)行BLAST。得出序列是human的。
進(jìn)入google首頁(yè)，搜索RepeatMasker，進(jìn)入RepeatMasker主頁(yè)，進(jìn)入RepeatMasking，復(fù)制序列，DNA source選擇human，運(yùn)行！點(diǎn)擊超鏈接，在結(jié)果中選擇
Annotation File ：RM2sequpload_.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，輸出CpG島的長(zhǎng)度、區(qū)域、GC數(shù)量、所占的百分比及Obs/Exp值。一、步驟：
進(jìn)入google首頁(yè)，搜索CpGPlot，進(jìn)入CpGPlot主頁(yè)，program中選擇cpgreport復(fù)制序列，運(yùn)行！
二、結(jié)果：
CpG島的長(zhǎng)度：385bp
區(qū)域：48——432；
GC數(shù)量：Sum C+G=297，百分?jǐn)?shù)=77.14
Obs/Exp：1.01
4、預(yù)測(cè)下面序列的啟動(dòng)子，輸出可能的啟動(dòng)子序列及相應(yīng)的位置。一、步驟：
進(jìn)入google首頁(yè)，進(jìn)入ICBI主頁(yè)，對(duì)序列進(jìn)行BLAST。得出序列是human的
進(jìn)入google首頁(yè)，搜索Neural Network Promoter Prediction，進(jìn)入主頁(yè)，復(fù)制序列，選擇eukaryote，運(yùn)行！
二、結(jié)果：
位置：711—761 ，1388—1438，1755—1805；
5、運(yùn)用Splice Site Prediction工具分析下面序列，分別輸出內(nèi)含子－外顯子剪接位點(diǎn)給體和受體的區(qū)域及剪接處位置的堿基。一、步驟：
進(jìn)冊(cè)前數(shù)入google首頁(yè)，進(jìn)入ICBI主頁(yè)，對(duì)序列進(jìn)行BLAST。得出序列是human的
進(jìn)入google首頁(yè)，搜索Splice Site Prediction，進(jìn)入主頁(yè)，復(fù)制序列。Organi選擇Human or other。其他默認(rèn)，運(yùn)行！
二、結(jié)果：
供體：
受體：
6、對(duì)下面序列進(jìn)行六框翻譯，利用GENESCAN綜合分析(首先確定給定序列的物種來(lái)源)哪個(gè)ORF是正確的，輸出六框翻譯（抓圖）和GENESCAN結(jié)果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 兩個(gè)部分)。一、步驟：
進(jìn)入google首頁(yè)，進(jìn)入ICBI主頁(yè)，對(duì)序列進(jìn)行BLAST。得出序列是Zea的
進(jìn)入google首頁(yè)；搜索NCBI，進(jìn)入主頁(yè)，選擇all resources（A~Z），選擇O，選擇ORF finder。復(fù)制序列，默認(rèn)，運(yùn)行！
二、結(jié)果：ORF圖
三、步驟：進(jìn)入google首頁(yè)，搜索GENESCAN，州首進(jìn)入主頁(yè)，Organi:Maize， ，其他默認(rèn)，運(yùn)行！
四、結(jié)果：
G7、進(jìn)入REBASE限制性內(nèi)切酶數(shù)據(jù)庫(kù)，輸出AluI、MboI、EcoI三種內(nèi)酶的Recognition Sequence和Type。
一、步驟：進(jìn)入google首頁(yè)，google in English，搜索REBASE，進(jìn)入主頁(yè)， 分別輸入AluI、MboI、EcoI，運(yùn)行！
在MboI中選擇之一個(gè)，EcoI選擇第二個(gè)。
二、結(jié)果：
ENSCAN圖
8、使用引物設(shè)計(jì)工具，針對(duì)下列未知序列設(shè)計(jì)一對(duì)引物，要求引物長(zhǎng)度為20-25bp，擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度bp，退火溫度為50-60℃。請(qǐng)寫(xiě)出選擇的一對(duì)引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相應(yīng)的GC含量、引物的位點(diǎn)、Tm值和產(chǎn)物長(zhǎng)度。一、步驟：進(jìn)入google首頁(yè)，搜索genefisher，進(jìn)入主頁(yè)，復(fù)制fasta格式，chechk input， sunmit， ； ；設(shè)置一下引物長(zhǎng)度為20-25bp，擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度bp，退火溫度為50-60℃； 。
二、結(jié)果：
GC含量：
引物的位點(diǎn)：
Tm值：
產(chǎn)物長(zhǎng)度：。
9、將下面的序列用NEBcutter 2.0工具分析，用產(chǎn)生平末端及有四個(gè)酶切位點(diǎn)的酶進(jìn)行酶切，并用抓圖提交膠圖（view gel），要求1.4% agarose和Marker為100bp DNA Ladder。
一、步驟：
進(jìn)入google首頁(yè)，進(jìn)入ICBI主頁(yè)，對(duì)序列進(jìn)行BLAST，得知是linear。
進(jìn)入google首頁(yè)，搜索NEBcutter 2.0，進(jìn)入主頁(yè)，選擇linear，運(yùn)行！選擇custom digest， ，把“1”改為“4”，選擇平末端，后digest。View gel。選擇1.4% agarose和Marker為100bp。
二、結(jié)果：
然后就是蛋白質(zhì)的了一般都在expasy里swiss-prot 適用于檢索的 compute pi/mw 求理論分子量 分子量 protparam物理化學(xué)性質(zhì) protscale親水性疏水性 peptidemass分析蛋白酶和化學(xué)試劑處理后的內(nèi)切產(chǎn)物
NCBI(
www.ncbi.nlm.nih.gov
)-GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)
數(shù)據(jù)庫(kù)相似性搜索——核酸序列與核酸數(shù)據(jù)庫(kù)比較（BLASTN）
蛋白質(zhì)序列與數(shù)據(jù)庫(kù)中蛋白質(zhì)序列比較（BLASTP）
兩序列比對(duì)（Align two sequences）
DNA序列分析——ORF Finder(
www.ncbi.nlm.nih.gov
/gorf/gorf.html)
分析實(shí)驗(yàn)序列外顯子部分——GENSCAN（
）
分析實(shí)驗(yàn)序列的可能酶切位點(diǎn)——NEBcutter2.(
)
注： Custom digest — view gel
限制性內(nèi)切酶數(shù)據(jù)庫(kù)——REBASE(
)
設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)序列——Genefisher
Primer 3
蛋白質(zhì)序列分析及結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)：
1.預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的分子量及等電點(diǎn):ExPASy（Compute pI/Mw）
2.分析蛋白質(zhì)的基本物理化學(xué)性質(zhì)：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白質(zhì)的親水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白質(zhì)在各種蛋白酶和各種化學(xué)試劑處理后的內(nèi)切產(chǎn)物：ExPASy（PeptideMass）
5.分析蛋白質(zhì)的信號(hào)肽：ExPASy（SignalP）
6.預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)：ExPASy（Jpred 3）
多物種分子系統(tǒng)發(fā)育分析：EMBL（
www.ebi.ac.uk/embl/
)–Toolbox–Clustal2W
人脂聯(lián)素蛋白質(zhì)序列：NP_004788
人類胰島素生長(zhǎng)因子IB前體：P05019
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