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embl數(shù)據(jù)庫是歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室（European Molecular Biology Laboratory）維護(hù)的一個(gè)遺傳學(xué)和分子生物學(xué)研究數(shù)據(jù)庫。它包括核酸和蛋白質(zhì)序列、大型分子結(jié)構(gòu)、功能注釋、基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)等多種信息。EMBL數(shù)據(jù)庫旨在為生命科學(xué)研究人員提供一個(gè)全球范圍內(nèi)的資源，幫助他們了解生命的分子機(jī)制。
一、EMBL數(shù)據(jù)庫的歷史
EMBL數(shù)據(jù)庫成立于1974年，是歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室（EMBL）的重要組成部分。作為一個(gè)全球性的遺傳學(xué)和分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫，EMBL旨在為研究人員提供簡潔易懂、全面準(zhǔn)確的分子生物學(xué)信息。EMBL數(shù)據(jù)庫的建立和發(fā)展歷程與現(xiàn)代分子生物學(xué)的發(fā)展有著密不可分的關(guān)系，早期的EMBL數(shù)據(jù)庫僅覆蓋有簡單的DNA和RNA序列，但是隨著科技的發(fā)展，這些數(shù)據(jù)逐漸得到了豐富和完善。目前，EMBL數(shù)據(jù)庫不僅收集了全世界的蛋白質(zhì)、核酸序列，并且還記錄了許多大型分子結(jié)構(gòu)、基因組數(shù)據(jù)以及轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)等，成為了一個(gè)全面而強(qiáng)大的數(shù)據(jù)庫樞紐。
二、EMBL數(shù)據(jù)庫的結(jié)構(gòu)和內(nèi)容
EMBL數(shù)據(jù)庫包含了許多具有代表性的數(shù)據(jù)，其中最重要的是序列編號(hào)（Accession Number）。EMBL數(shù)據(jù)庫的序列編號(hào)是由EMBL Nucleotide Sequence Database（ENA）分配的，對(duì)于任何一個(gè)新的序列ID號(hào)，都必須經(jīng)過ENA審核通過并分配才能夠被EMBL數(shù)據(jù)庫所記錄。除了序列編號(hào)，EMBL數(shù)據(jù)庫還有以下主要的數(shù)據(jù)類型：
1. DNA序列：EMBLEntry 是EMBL數(shù)據(jù)庫的序列記錄，包括DNA、RNA和多肽序列，以及相關(guān)的注釋信息和參考文獻(xiàn)。
2. 蛋白質(zhì)序列：EMBL也收錄了蛋白質(zhì)和基因表達(dá)產(chǎn)物（PE和PD條目）的資料。
3. 大型分子結(jié)構(gòu)：EMBL記錄了許多重要的生物分子結(jié)構(gòu)信息，包括各種蛋白質(zhì)、核酸和多肽結(jié)構(gòu)。
4. 基因組學(xué)數(shù)據(jù)：EMBL收錄了許多基因組學(xué)的數(shù)據(jù)，包括許多生物的全基因組序列、整理和分類的序列、SNP和變異數(shù)據(jù)、基因注釋等。
5. 轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)：EMBL也收錄了大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集，包括表達(dá)譜、RNA-Seq等。
三、EMBL數(shù)據(jù)庫的應(yīng)用價(jià)值
EMBL數(shù)據(jù)庫是全球科研人員公認(rèn)的一個(gè)重要的生命科學(xué)數(shù)據(jù)庫，它具有的一些應(yīng)用價(jià)值包括：
1. 幫助進(jìn)行生物學(xué)研究：EMBL數(shù)據(jù)庫為研究人員提供了一個(gè)全球性的遺傳學(xué)和分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫，其中包括了來自全球各地的蛋白質(zhì)、核酸序列、分子結(jié)構(gòu)、基因組學(xué)數(shù)據(jù)以及轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)等信息，這些數(shù)據(jù)對(duì)于科學(xué)家開展基礎(chǔ)研究具有重要意義。
2. 輔助疾病治療：EMBL數(shù)據(jù)庫對(duì)于疾病的治療、特別是基因治療具有至關(guān)重要的意義。通過對(duì)基因數(shù)據(jù)的分析，人們可以預(yù)測(cè)疾病的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)，及早發(fā)現(xiàn)患者的基因突變型，并尋找特定的針對(duì)基因的靶向治療方法。
3. 幫助制藥業(yè)：EMBL數(shù)據(jù)庫中大量的分子結(jié)構(gòu)信息和基因組數(shù)據(jù)對(duì)于制藥行業(yè)非常重要，尤其對(duì)于新藥發(fā)現(xiàn)和設(shè)計(jì)。研發(fā)過程中，科學(xué)家可以通過分析分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，尋找特定的分子靶點(diǎn)，設(shè)計(jì)一些有針對(duì)性的藥物。
除此之外，EMBL數(shù)據(jù)庫在生物信息學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、、機(jī)器學(xué)習(xí)等領(lǐng)域也產(chǎn)生很大的影響，人們可以通過利用EMBL數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)來開展更為深入的研究。
四、結(jié)語
隨著分子生物學(xué)研究的不斷深入，EMBL數(shù)據(jù)庫的應(yīng)用范圍也越來越廣泛，它不僅為研究人員提供了重要的研究數(shù)據(jù)，并且為人類健康和生活的改善做出了巨大的貢獻(xiàn)。但是，EMBL數(shù)據(jù)庫也面臨著許多問題和挑戰(zhàn)，比如大數(shù)據(jù)量的處理和存儲(chǔ)、數(shù)據(jù)質(zhì)量的保證、數(shù)據(jù)隱私與共享等問題。相信隨著科技的發(fā)展和技術(shù)的創(chuàng)新，EMBL數(shù)據(jù)庫的發(fā)展也將更加強(qiáng)大和優(yōu)化，為人類提供更多更好的服務(wù)。
成都網(wǎng)站建設(shè)公司-創(chuàng)新互聯(lián),建站經(jīng)驗(yàn)豐富以策略為先導(dǎo)10多年以來專注數(shù)字化網(wǎng)站建設(shè),提供企業(yè)網(wǎng)站建設(shè),高端網(wǎng)站設(shè)計(jì),響應(yīng)式網(wǎng)站制作,設(shè)計(jì)師量身打造品牌風(fēng)格,熱線:028-86922220Genbank序列包含什么？
大型數(shù)據(jù)庫分成若干子庫，有許多好處。首先，可以把數(shù)據(jù)庫查詢限定在某一特定部分，以便加快查詢速度。其次，基因組計(jì)劃快速測(cè)序得到的大量序列尚未加以注釋，將它們單獨(dú)分類，有利于數(shù)據(jù)庫查詢和搜索時(shí)“有的放矢”。GenBank將這些數(shù)據(jù)按高通量基因組序列（HighThroughput Genomic Sequences，HTG）、表達(dá)序列標(biāo)記（Expressed Sequence Tags，EST）、序列標(biāo)記位點(diǎn)（SequenceTaggedSites，STS）和基因組概覽序列（Genome Survey Sequences，GSS）單獨(dú)分類。盡管這些數(shù)據(jù)尚未加以注釋，它們依然是GenBank的重要組成部分。
可通過Entrez數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)對(duì)GenBank進(jìn)行查詢。這個(gè)系統(tǒng)將核酸、蛋白質(zhì)序列和基因圖譜、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫整合在一起。此外，通過該系統(tǒng)的文獻(xiàn)摘要數(shù)據(jù)庫MEDLINE，可獲取有關(guān)序列的進(jìn)一步信息。在萬維網(wǎng)上，進(jìn)入NCBI的主頁，可以用BLAST程序?qū)enBank數(shù)據(jù)庫進(jìn)行未知序列的同源性搜索（詳見第六章）。
完整的GenBank數(shù)據(jù)庫包括序列文件，索引文件以及其它有關(guān)文件。索引文件是根據(jù)數(shù)據(jù)庫中作者、參考文獻(xiàn)等子段建立的，用于數(shù)據(jù)庫查詢。GenPept是由GenBank中槐粗雀的核酸序列翻譯而得到的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，其數(shù)據(jù)格式為FastA。GenBank曾以CD-ROM光盤的形式分發(fā)，價(jià)格比較便宜。隨著數(shù)據(jù)庫容量的增長，一套最新版的GenBank需要12張光盤存放，不僅生產(chǎn)成本很高，也不便于使用?，F(xiàn)在，光盤分發(fā)的方式已經(jīng)停止，可以通過網(wǎng)絡(luò)下載GenBank數(shù)據(jù)庫。
GenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本單位是序列條目，包括核甘酸堿基排列順序和注釋兩部分。目前，許多生物信息資源中心通過計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)提供該數(shù)據(jù)庫文件。下面，我們介紹序列文件的結(jié)構(gòu)。
序列文件由單個(gè)的序列條目組成。序列條目由字段組成，每個(gè)字段由關(guān)鍵字起始，后面為該字段的具體說明。有些字段又分若干次子字段，以次關(guān)鍵字或特性表說明符開始。每個(gè)序列條目以雙斜杠“//”作結(jié)束標(biāo)記。序列條目的格式非常重要，關(guān)鍵字從之一列開始，次關(guān)鍵字從第三列開始，特性表說明符從第五列開始。每個(gè)字段可以占一行，也可以占若干行。若一行中寫不下時(shí)，繼續(xù)行以空格開始。
序列條目的關(guān)鍵字包括代碼（LOCUS），說明（DEFINITION）， 編號(hào)（ACCESSION），核酸標(biāo)凳此識(shí)符(NID），關(guān)鍵詞（KEYWORDS），數(shù)據(jù)來源（SOURCE），文獻(xiàn)（REFERENCE），特性表（FEATURES），堿基組成（BASE COUNT）及堿基排列順序（ORIGIN）。
代碼LOCUS是該序列條目的標(biāo)記，或者說標(biāo)識(shí)符，蘊(yùn)涵這個(gè)序列的功能。例如，圖4.1中所示的HUMCYCLOX表示人的環(huán)氧化酶cyclooxygenase。該字段還包括其它相關(guān)內(nèi)容，如序列長度、類型、種屬來源以及錄入日期等。說明鉛早字段是有關(guān)這一序列的簡單描述，如本例為人環(huán)氧化酶-2的mRNA全序列。關(guān)鍵詞字段由該序列的提交者提供，包括該序列的基因產(chǎn)物以及其它相關(guān)信息，如本例中還氧化酶-2 (cyclooxygenase-2），前列腺素合成酶（prostaglandin synthase）。數(shù)據(jù)來源字段說明該序列是從什么生物體、什么組織得到的，如本例中人臍帶血管（umbilical vein）。次關(guān)鍵字種屬（ORGANI）指出該生物體的分類學(xué)地位，如本例人、真核生物等等。文獻(xiàn)字段說明該序列中的相關(guān)文獻(xiàn)，包括作者（AUTHORS），題目（TITLE）及雜志名（JOURNAL）等，以次關(guān)鍵詞列出。該字段中還列出醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)摘要數(shù)據(jù)庫MEDLINE的代碼。該代碼實(shí)際上是個(gè)網(wǎng)絡(luò)鏈接指針，點(diǎn)擊它可以直接調(diào)用上述文獻(xiàn)摘要。一個(gè)序列可以有多篇文獻(xiàn)，以不同序號(hào)表示，并給出該序列中的哪一部分與文獻(xiàn)有關(guān)。
用戶可以通過NCBI（National Center for Biotechnology Information 美國國家生物技術(shù)信息中心信息中心，隸屬于NLM－美國國家醫(yī)學(xué)圖書館）的主頁使用GenBank。GenBank的宗旨是鼓勵(lì)科研團(tuán)體對(duì)DNA序列的獲取，從而促進(jìn)數(shù)據(jù)庫中DNA序列的豐富和更新，所以NCBI對(duì)GenBank的數(shù)據(jù)使用與發(fā)送沒有任何限制。用戶可從GenBank主頁上下載Banklt（NCBI提供的WWW格式，用于便捷的提交 DNA序列的數(shù)據(jù)）、sequin（NCBI的獨(dú)立于 操作系統(tǒng)的提交 軟件，可用于MAC、PC和UNIX平臺(tái)，也可以通過FTP遠(yuǎn)程獲?。┮约癡ecScreen（帶菌污染物的篩選工具）等便于提交和更新研究成果的 應(yīng)用軟件。
其頁面上的簡單檢索界面提供19種相關(guān)檢索選項(xiàng)，分別是：PubMed、Protein（ 蛋白質(zhì)）、Nucleotide（ 核苷）、Structure（結(jié)構(gòu)）、Genome（基因組）、PMC、LocusLink、PopSet、OMIM、Taxonomy（分類學(xué)）、Books（圖書）、ProbeSet、3D Domains（三維區(qū)域）、UniSTS、Domains、SNP、Journals（期刊）、UniGene、NCBI Web Site（NCBI站點(diǎn)）。 GenBank可以與DNA Star軟件結(jié)合使用，進(jìn)行基因序列分析和比對(duì)。GenBank 是一個(gè)開放獲取的序列數(shù)據(jù)庫，對(duì)所有公開可利用的核苷酸序列與其翻譯的蛋白質(zhì)進(jìn)行收集并注好瞎旦釋。 此數(shù)據(jù)庫是國際協(xié)作核酸序列數(shù)據(jù)庫（INSDC）的一部分，由美國國家生物技術(shù)信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）主管，NCBI為美國國立衛(wèi)生研究院的下屬機(jī)構(gòu)。GenBank和它的合作者從全球各個(gè)實(shí)驗(yàn)室接收了超過百萬種生物的數(shù)據(jù)。Genbank庫包含了所有已知的核酸序列和蛋白質(zhì)序列，以及與它們相關(guān)的文獻(xiàn)著作和生物學(xué)注釋。它的數(shù)據(jù)直接來源于測(cè)序工作者提交的序列、由測(cè)序中心提交的大量EST序列和其它測(cè)序數(shù)據(jù)、以及與其它數(shù)據(jù)機(jī)構(gòu)協(xié)作交換數(shù)據(jù)而來。
Genbank每天都會(huì)與歐洲分子生神含物學(xué)實(shí)驗(yàn)室（EMBL）的數(shù)據(jù)庫，和日本的DNA數(shù)據(jù)庫（DDBJ）交換數(shù)據(jù)，使這三個(gè)數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)同步。到1999年8月，Genbank中收集的序列數(shù)量達(dá)到460萬條，34億個(gè)堿基，而且數(shù)據(jù)增長的速度還在不斷加快。Genbank的數(shù)據(jù)可以從NCBI的FTP服務(wù)器上免費(fèi)下載完整的庫，或下載積累的新數(shù)據(jù)。NCBI還提供廣泛的數(shù)據(jù)查詢友擾、序列相似性搜索以及其它分析服務(wù)，用戶可以從NCBI的主頁上找到這些服務(wù)。
說明字段是有關(guān)這一序列的簡單描述，如本例為人環(huán)氧化酶-2的mRNA全序列。ACCESSION （編號(hào)）：具有唯一性和永久性，如本例中代碼M90100用來表示上述人環(huán)氧局此化酶-2的mRNA序列，在文獻(xiàn)中引用這個(gè)序列時(shí)，應(yīng)該以此編號(hào)為準(zhǔn)。KEYWORDS （關(guān)鍵詞）字段：由該序列的提交者提供，包括該序列的基因產(chǎn)物以及其它相關(guān)信息，如本例中環(huán)氧化酶-2 (cyclooxygenase-2），前列腺素合成酶（prostaglandin synthase）。SOURCE （數(shù)據(jù)來源）字段：說明該序列是從什么生物體、什么組織得到的，如本例中人臍帶血（umbilical vein）。次關(guān)鍵字ORGANI （種屬）指出該生物體的分類學(xué)地位，如本例人、真核生物等等（詳見圖4.1）。REFERENCE （文獻(xiàn)）字段：說明該序列中的相關(guān)文獻(xiàn)，包括AUTHORS （作者），TITLE （題目）及JOURNAL （雜志名）等，以次關(guān)鍵詞列出。該字段中還列出醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)摘要數(shù)據(jù)庫MEDLINE的代碼。該代碼實(shí)際上是個(gè)超文本鏈接，點(diǎn)擊它可以直接調(diào)用上述文獻(xiàn)摘要。一個(gè)序列可以有多篇文獻(xiàn)，以不同序號(hào)表示，并給出該序列中的哪一部分與輪激文獻(xiàn)有關(guān)。FEATURES （特性表）：具有特定的格式，用來詳細(xì)描述臘臘襪序列特性。特性表中帶有‘/db-xref/’標(biāo)志的字符可以連接到其它數(shù)據(jù)庫，如本例中的分類數(shù)據(jù)庫（taxon 9606），以及蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫
序列中各部分的位置都在表中標(biāo)明，5’非編碼區(qū)（1-97），編碼區(qū)（），3’非編碼區(qū)（），多聚腺苷酸重復(fù)區(qū)域（），等等。翻譯所得信號(hào)肽以及最終蛋白質(zhì)產(chǎn)物也都有所說明。當(dāng)然，這個(gè)例子只是特性表的部分注釋信息，但已經(jīng)足以說明其詳細(xì)程度。接下來是堿基含量字段，給出序列中的堿組成，如本例中1010個(gè)A，712個(gè)C，633個(gè)G，1032個(gè)T。ORIGIN行是序列的引導(dǎo)行，接下來便是堿基序列，以雙斜杠行“//”結(jié)束。
核酸序列、結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫有哪些？
美國的核酸數(shù)據(jù)庫GenBank
歐洲核酸序列數(shù)據(jù)庫EMBL
日本核酸序列數(shù)據(jù)庫DDBJ
這是目前世界三大核酸數(shù)據(jù)庫.不本我們用的最多的還是NCBI,基本上是不用日本的!
關(guān)于embl數(shù)據(jù)庫的介紹到此就結(jié)束了，不知道你從中找到你需要的信息了嗎 ？如果你還想了解更多這方面的信息，記得收藏關(guān)注本站。
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本文題目：EMBL數(shù)據(jù)庫：保存生命的遺傳密碼(embl數(shù)據(jù)庫)
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